先把轨迹文件（例如NO3--pos-1.xyz）文件用VMD打开.命令如下：
$vmd NO3--pos-1.xyz
打开VMD后，在VMD 对话框，Extensions菜单，Analysis-> RDF g(r) 
=>RDF g(r)  对话框：

（1）utilities ->set unit cell (set the values of a, b, c, eg.:  a=15埃米（A）,b=15A, c=15A)

http://s8/mw690/001IzgnZzy76BYuHHTx67&690中计算径向分布函数 RDF g(r)" TITLE="[转载]在VMD 中计算径向分布函数 RDF g(r)" />


 (2) 设置参数Selection, Frames, Histogram Parameters等.例如：
  slection 1: ( eg. name O; or index 3 )
  selection 2: (eg. : name H;  or index 4-10)
http://s10/mw690/001IzgnZzy76BYHkpzrc9&690中计算径向分布函数 RDF g(r)" TITLE="[转载]在VMD 中计算径向分布函数 RDF g(r)" />

所得RDF如下图所示 (横坐标为r,单位为埃). 这是个团簇所以g(r)随r增大而为0,而不是1.
http://s1/mw690/001IzgnZzy76BZLy9b250&690中计算径向分布函数 RDF g(r)" TITLE="[转载]在VMD 中计算径向分布函数 RDF g(r)" />


PS: 
1.“index“即原子的序号. 在VMD视图中点击某个原子，该原子基本信息（包括原子名称，序号，坐标等）将会在相应的终端显示出来.
2. 如果我们设置 "name O", 这表示我们考虑分子中所有O原子.