加载中…关于基因panel
(2019-06-05 15:33:06) | 分类： 医学相关 |
1.在计算TMB的时候临床上gene panel大小多少合适？
由于TMB的概念起源于外显子测序，因此设计的panel与外显子的相关性至关重要。下图呈现了不同基因数目与外显子TMB相关性。下表展示了目前已经发表的一些panel的相关信息。最重要的一点目前研究表明gene
panel至少覆盖0.8M的区域，所得TMB与外显子分析才具有较好的相关性。
2.
在call 变异过程中突变频率的阈值是多少？
一般的外显子的ariant allele frequency (VAF) cut-offs
设置在5-10%，在目前已公布的FDA批准的两个试剂盒中，FoundationOne CDx and Oncomine
assays是5%，MSK-IMPACT是针对热点突变的阈值是2%和非热点突变阈值是5%。
3.基因panel的测序深度多少为最佳？
4.测试gene panel的是否合格的标准Limits of
Detection（LOD）是多少？
至少测试20个已知样本对于minor allele
fraction的发现率要占到总样本数的90-95%。
5.在生物信息分析方面call indel的最佳长度是多少？
21bp
6.遇到Tumor
only样本除了考虑人群频率数据库外，还有没有其他办法区分germline和somatic突变？
可以使用SGZ分析软件https://github.com/jsunfmi/SGZ，该软件已经被FDA公布的FoundationOne
CDx官方文档中使用(https://www.accessdata.fda.gov/cdrh_docs/pdf17/P170019B.pdf)。
7.过滤人群频率数据库会过滤到一些重要的位点怎么办？
参见文献：
Büttner R, Longshore J W, López-Ríos F, et al.
Implementing TMB measurement in clinical practice: considerations
on assay requirements[J]. ESMO open, 2019, 4(1):
e000442.
Sun J X, He Y, Sanford E, et al. A computational approach
to distinguish somatic vs. germline origin of genomic alterations
from deep sequencing of cancer specimens without a matched
normal[J]. PLoS computational biology, 2018, 14(2):
e1005965.
Garofalo A, Sholl L, Reardon B, et al. The impact of
tumor profiling approaches and genomic data strategies for cancer
precision medicine[J]. Genome medicine, 2016, 8(1):
79.
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