下载kegg代谢通路图以及对应的html文件_fanyucai

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下载kegg代谢通路图以及对应的html文件

(2018-09-04 11:10:04)

标签：

python

kegg

ko

png

html

分类：生物信息学

# coding:utf-8

# Email:fanyucai1@126.com

# 2018.3.15

import subprocess

import os

import sys

if len(sys.argv) !=3:

sys.stderr.write("\nThis script is used to download KEGG pathway maps.\n")

sys.stderr.write("usage:python %s hsa hsa/\n\n" %(sys.argv[0]))

sys.exit(1)

abb=sys.argv[1]

outdir=sys.argv[2]

pathway = "http://rest.kegg.jp/list/pathway/"

pathway+=abb

subprocess.check_call('mkdir -p %s' % (outdir), shell=True)

os.chdir(outdir)

def ko(pathway,abb):

subprocess.check_call('curl -s %s -o ID.list' % (pathway), shell=True)

subprocess.check_call('awk \'{print $1}\' ID.list|awk -F":" \'{print $2}\'|sort -u >abb_ID.list && mv abb_ID.list ID.list',shell=True)

file = open("ID.list", "r")

for line in file:

line = line.strip()

if not os.path.exists('%s.png' %(line)):

subprocess.check_call('curl http://rest.kegg.jp/get/%s/image -o %s.png' % (line, line),shell=True)

if not os.path.exists('%s.html' %(line)):

subprocess.check_call('curl https://www.kegg.jp/kegg-bin/show_pathway?%s -o %s.html' % (line,line), shell=True)

file.close()

if __name__ =="__main__":

ko(pathway, abb)

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