使用GeMoMa预测基因_fanyucai

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使用GeMoMa预测基因

(2018-03-01 20:22:39)

分类：生物信息学

1:这个是基于蛋白质同源比对的方法进行基因预测，与使用genewise相比，使用简单速度快，另外比genblastg运行的速度也快，赶脚貌似使用起来也比较稳定和简单。

2:使用命令：

export PATH=/home/fanyucai/software/GeMoMa:/home/fanyucai/software/blast+/ncbi-blast-2.6.0+/bin:$PATH && ./run.sh ref.gff3 refe.fna jelly.out.fasta.pilon.fasta /public/land/Pacbio/yangshu/gene_predict/GeMoMa

3:运行过程中可以将tblastn的运行参数进行修改，例如添加CPU，-num_threads 20

4:主要是该软件也可以输入RNAseq数据，输入的主要是bam或者sam文件

5:结果输出为：filtered_predictions.gff

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