使用Augustus预测基因_fanyucai

http://blog.sina.com.cn/u/2214034580

首页博文目录关于我

个人资料

微博

加好友发纸条

写留言加关注

博客等级：
博客积分：

博客访问：
关注人气：
获赠金笔：0支
赠出金笔：0支
荣誉徽章：

正文字体大小：大中小

使用Augustus预测基因

(2018-02-06 15:46:52)

分类：生物信息学

1:很多物种在Augustus中没有，这里只讲如何在没有情况如何训练augustus并预测基因

2:下载安装Augustus,我这里的版本是v3.2.3

3:加载环境并训练：

export AUGUSTUS_CONFIG_PATH=/home/fanyucai/software/Augustus/augustus-v3.2.3/config

export PATH=/home/fanyucai/software/Augustus/augustus-v3.2.3/bin:$PATH

perl /home/fanyucai/software/Augustus/augustus-v3.2.3/scripts/autoAugTrain.pl --genome=reference --trainingset=reference.gff --species=haha

备注：输入的参考序列的ID往往与gff不同，注意

awk '{print $1}' reference.fna >new.fna

4:预测基因

在训练完成后，会生成/home/fanyucai/software/Augustus/augustus-v3.2.3/config/haha

/home/fanyucai/software/Augustus/augustus-v3.2.3/bin/augustus --strand=both --genemodel=complete --uniqueGeneId=true --noInFrameStop=true --gff3=on --AUGUSTUS_CONFIG_PATH=/ho

me/fanyucai/software/Augustus/augustus-v3.2.3/config/ --outfile=augustus_complete.gff --species=haha contig.fna

阅读┊ 收藏 ┊ 喜欢 ▼ ┊打印┊举报/Report

前一篇：基于SNAP的基因预测

后一篇：python语言学习之argparse

新浪BLOG意见反馈留言板　欢迎批评指正