trinity在安装的时候遇到undefined reference to `gzopen64' ，主要原因是samtools引起的，单独安装一个就可以了。然后在trinityrnaseq-Trinity-v2.3.2/trinity-plugins目录下的Makefile文件中修改：

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下面这一行主要是去掉了samtools

trinity_essentials: jellyfish scaffold_iworm_contigs_target fastool_target parafly_target trimmomatic_target

 下面这几行主要是注释掉samtools的安装

#samtools:

#tar xvf samtools-0.1.19.tar.bz2

#cd samtools-0.1.19 && $(MAKE) $(LTINFO)

#mv samtools-0.1.19/samtools ./BIN/.

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另外将你单独安装的samtools二进制文件拷贝到trinityrnaseq-Trinity-v2.3.2/trinity-plugins/BIN/目录下

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如果你安装的是较早的版本，比如我安装的是：trinityrnaseq_r2012-06-08

编译安装会遇到以下错误：

cc1plus: all warnings being treated as errors

make[2]: *** [jellyfish/mer_counter.o] Error 1

这个主要引起的原因是，把警告信息当错误信息了,解决办法：在trinityrnaseq_r2012-06-08/trinity-plugins/jellyfish中将：Werror去掉，可运行：

sed -i "s/-Werror//" Makefile

然后重新编译就好了。