加载中…关于无参转录组的数据分析学习
(2016-04-11 11:06:49) | 分类： 生物信息学 |
1:无论使用合并组装还是分开组装，在组装完成建议对每个转录本进行过滤（TPM>1）,参考文献为：
4-4:还有一个数据处理链接：http://sfg.stanford.edu/SNP.html，参考文献如下：
MacManes M D, Lacey E A. The social brain: transcriptome assembly
and characterization of the hippocampus from a social subterranean
rodent, the colonial tuco-tuco (Ctenomys sociabilis)[J]. PloS one,
2012, 7(9): e45524.
MacManes M D, Eisen M B. Characterization of the transcriptome,
nucleotide sequence polymorphism, and natural selection in the
desert adapted mouse Peromyscus eremicus[J]. PeerJ, 2014, 2:
e642.
2:SSR分析使用misa,其安装和使用说明可参见以下链接：http://www.plob.org/2012/10/04/3972.html
3:关于分别组装思路：将trinity组装的结果cat在一起，cd-hit去下重复，注意这里去的是重复不是冗余，只是简单的去掉重复序列，在去重复之前建议把所有的序列的序列名称重新命名。随后使用tgicl聚类，聚类后的结果分为两部分，一部分在asm文件夹一部分为singletons。但是singletons提供的是序列ID，需要借助tgicl的另外两个程序cdbfasta与cdbyank，然后将asm中的contigs与singletons的序列进行合并就是你的unigene前部分，然后可以借助比对进行定量按照TPM>1进行过滤，剩下的就是unigene了。
4:关于SNP的分析，
4-1:参考GATK的链接：http://gatkforums.broadinstitute.org/gatk/discussion/3891/calling-variants-in-rnaseq
4-2:使用samtools的流程，具体的过滤参数可以参考如下文献：
Van Belleghem S M, Roelofs D, Van Houdt J, et al. De novo
transcriptome assembly and SNP discovery in the wing polymorphic
salt marsh beetle Pogonus chalceus (Coleoptera, Carabidae)[J]. PloS
one, 2012, 7(8):
e42605.另外注意你使用的samtools的版本，最新的流程如下：http://www.htslib.org/workflow/#mapping_to_cram
4-3:使用最近的一个新的流程，粗略看一下还不错，文献链接：Maestre
H L, Brinza L, Marchet C, et al. De novo identification,
differential analysis and functional annotation of SNPs from
RNA-seq data in non-model species[J]. bioRxiv, 2015:
035238.网站链接：http://kissplice.prabi.fr/TWAS/，感觉要火的样子
4-4:还有一个数据处理链接：http://sfg.stanford.edu/SNP.html，参考文献如下：
Wit P, Pespeni M H, Ladner J T, et al. The simple fool's guide to
population genomics via RNA‐Seq: an introduction to high‐throughput
sequencing data analysis[J]. Molecular ecology resources, 2012,
12(6): 1058-1067.
5:软件RSeQC可以用评估插入片段、饱和度曲线、随机性检验，软件连接：http://rseqc.sourceforge.net/#reference
持续学习中。。。。。。。欢迎批评指正
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