samtools学习笔记_fanyucai

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samtools学习笔记

(2016-03-16 15:26:36)

分类：生物信息学

1: samtools版本：1.3

2:使用stats对比对的结果做统计,在安装samtools目录的下找到plot-bamstats(该程序依赖 gnu plot)对统计结果做图

参考命令：

samtools stats -r hg19.fa outfilesort.bam >outfile.bc

perl misc/plot-bamstats -p outfile.bc outfile.bc

3:输入bed文件，统计bed各个区间的coverage

samtools bedcov

Usage: samtools bedcov [options] [...]

-Q INT Only count bases of at least INT quality [0]

--input-fmt-option OPT[=VAL]

Specify a single input file format option in the form

of OPTION or OPTION=VALUE

--reference FILE

Reference sequence FASTA FILE [null]

参考链接：https://www.genedock.com/blog/2015/12/17/samtools_upgrade1.3/

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