平均核苷酸一致性average nucleotide identity (ANI)_fanyucai

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平均核苷酸一致性average nucleotide identity (ANI)

(2015-12-11 12:00:21)

分类：软件安装

1:平均核苷酸一致性（ANI）从基因组水平来判定两个基因组序列之间的相似性，和DNA与DNA杂交技术
（DNA–DNA hybridization）类似的效果。有的文献中指出，两者之间的相关性水平在：r^2=0.93

2:一般DDH的70%水平类似ANI的95–96%

3:计算ANI的软件，推荐经典软件：JSpecies 下载链接：http://www.imedea.uib.es/jspecies/

4:该款软件主要还是基于比对的结果，比对可以使用blast(blastall, fastcmd and formatdb)也可以使用MUMmer（只能在linux可用），相对应的计算结果对应为：ANIb和ANIm如下图：

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