加载中…关于真菌基因组分析的一些文献阅读
(2015-11-17 08:53:09)| 分类： 微生物 |
1:关于真菌基因组次级代谢分析，可以使用SMURF和AntiSMASH，基因组注释使用MAKER，基因与测使用AUGUSTUS并基于Aspergillus
oryzae物种的训练结果。拼接使用的是Velvet
Optimizer，基因功能注释使用的是interproscan.测序深度27x,N50 为
48,518。1,231
2014-Draft Genome
Sequence of Penicillium expansum
Strain R19, Which Causes
Postharvest Decay of Apple Fruit
2:关于真菌基因组的分析，在已知近源物种的基础上，可以分析结构变异（例如染色体重排等）
2014-Complete Sequencing and Chromosome-Scale
Genome Assembly of the Industrial Progenitor Strain P2niaD18 from
the Penicillin Producer Penicillium
chrysogenum
3:在真菌基因预测方面本文分别使用了Fgenesh（Penicillium funiculosum 训练）与GeneMark-
ES（基于自身训练），基于预测是在大于1Kb的且经过masker重复序列的基础上进行的将两者结果整合。关于功能注释内容包括：nr\interproscan\Swiss-Prot/UniProtKB\GO\kegg(KAAS
)
2014-Genome sequencing of high-penicillin producing
industrial strain of Penicillium
chrysogenum
4:这篇文章里关注了水平基因转移，组装完基因预测先是使用GeneMark
and TWINSCAN分别与测然后再合并，再合并genewise的结果（Genomic sequences with 90% identity that spanned
more than 80% of a protein were ex- tended 500 bp up and downstream
and passed to Gene-Wise to predict gene models. ）假定基因的功能注释使用blast2go.假定蛋白的功能域和GO分析可以使用 Agbase
2014-Genome sequencing and analysis of the
paclitaxel-producing endophytic fungus Penicillium
aurantiogriseum NRRL
62431
5:细胞色素P450（cytochromeP450或CYP450,简称CYP450）为一类亚铁血红素—硫醇盐蛋白的超家族，它参与内源性物质和包括药物、环境化合物在内的外源性物质的代谢.网址：http://drnelson.uthsc.edu/P450seqs.dbs.html。使用blastp(e<10-5).(A
physical CYP gene cluster was de ned as three or more CYPs present
within a 100-kb sliding window of the genomic sequence or fewer
than 10 genes between CYPs a er they had been sorted into groups
along the chromosomes. If two adjacent clusters overlapped, they
were merged to form one larger cluster)
2012-Genome sequence of the model
medicinal mushroom
Ganoderma
http://drnelson.uthsc.edu/cytochromeP450.html
6:真菌基因组的大小范围：In
fungi, the diversity of genomes varies from 8.97 Mb to 177.57
Mb.
Mohanta T K, Bae H. The diversity of
fungal genome[J]. Biological procedures online, 2015, 17(1):
1.
7:关于植物共生菌的微生物多样性研究，因为里面会参杂植物、叶绿体的序列，需要在数据分析之前排除掉（plastid
and mitochondrial）。或者在分析完OTU后，只保留真菌（细菌）的那部分。对于测序文章中指出6万到－20万，所以建议客户做10万，对于土壤样本46.1%是植物的，5.4%是真菌，48%为分类。见文献：
2013-Illumina metabarcoding of a
soil fungal community
8:关于真菌病毒基因的注释数据库为DFVF:
database of fungal virulence
2013-Assessment of Fungal
Diversity in the Environment using Metagenomics: a Decade in
Review
9:关于次级代谢分析可以使用SMURF（网页链接不可用）与anti-SMASH
http://antismash.secondarymetabolites.org，目前关于次级代谢的软件有很多，但是上面两款是分析结果是比较全面的。
2014-In silico tools for the analysis of antibiotic
biosynthetic pathways
10:2015-Early life
dynamics of the human gut virome and bacterial microbiome in
infants,关注的是肠道中的病毒组，病毒组主要是研究
bacteriophages，eukaryotic RNA and DNA viruses。
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