加载中…利用DIAMOND将原始测序数据与NR数据进行比对
(2015-08-20 08:46:15)| 分类： 软件安装 |
1:软件主页：http://ab.inf.uni-tuebingen.de/software/diamond/
2:特点：速度快，比blastx速度快20,000倍，该软件一直有更新，使用前景很好
3:参考文献：
发表在nature method
肯定是值得赞的文章和方法。
4:使用说明：（https://github.com/bbuchfink/diamond/）
首先将nr标准化：
diamond makedb --in nr.faa -d nr
进行比对
diamond blastx -d nr -q reads.fna -a matches
输出m8格式
$ diamond view -a matches.daa -o matches.m8
还可以输出SAM格式。
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