加载中…使用lefse与metastats寻找宏基因组数据中的biomarker
(2015-08-06 14:01:06) | 分类： 微生物 |
1:lefse在线分析网址：http://huttenhower.sph.harvard.edu/galaxy（建议使用在线分析）
2:以上两个软件都都可以实现在线和本地化分析。metastats软件只能进行两个分组比较，lefse则可以实现多个分组之间同时比较，而且还设计到分组比较的内部进行亚组分析比较。更加准确，精度更高，推荐使用。
3:文献：
2011-Metagenomic
biomarker discovery and
4:简单原理介绍：linear discriminant analysis (LDA) effect
size (LEfSe)
输入：矩阵文件可以是16s OTU 可以基因表达数据
每一行代表一个物种（OTU或gene_iD ,每一列为一个样本）
step1：先进行两组之间比较，或者多组之间两两比较选出差异的待选marker(统计方法：)
step2:分别比较两组之内的亚组进行差异比较，同样存在差异一致性定义为最终marker
5:分析可以分为严格和不严格，严格是指所有分类两两比较都有差异，不严格是指只要有两个分类有差异就把这个分类挑选出来
6:目前可以将qiime的输出结果biom格式的文件加上fastmap.txt文件作为输入就可以得到微生物的分类信息，这样的程序已经被牛人写成python,大家可以在https://github.com/twbattaglia/koeken，以及https://pypi.python.org/pypi/pannenkoek/0.1.5以上两个程序都可以
7:需要说明一点两个程序都涉及到一个参数spl,这个参数必须有，你可以在fastmap.txt文件中设置一个分组例如：Data 后面分组到信息都一样就可以了比如都写成数字2016，实际貌似这是个取样时间都参数
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