使用KaKs_Calculator计算Ka/Ks（dN/dS）_fanyucai

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使用KaKs_Calculator计算Ka/Ks（dN/dS）

(2015-07-03 21:29:56)

分类：生物信息学

1:概念学习

不导致氨基酸改变的核苷酸变异我们称为同义突变，反之则称为非同义突变。同义突变频率 (Ks)、非同义突变频率(Ka)、非同义突变率与同义突变率的比值(Ka/Ks)。如果Ka/Ks>1，则认为有正选择效应。如果Ka /Ks=1，则认为存在中性选择。如果Ka/Ks<1，则认为有纯化选择作用。

3:准备文件，将由InParanoid（http://blog.sina.com.cn/s/blog_83f77c940102vl1v.html）计算出的直系同源基因，找出单copy基因

4:使用比对软件ParaAT（http://code.google.com/p/paraat/），将直系同源进行比对输出比对axt形式，比对可以直接计算ka/ks值，并输出

5:输出

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