多位点序列分型（multilocus sequence typing,MLST）_fanyucai

个人资料

微博

正文字体大小：大中小

多位点序列分型（multilocus sequence typing,MLST）

(2015-06-18 14:36:06)

分类：生物信息学

多位点序列分型（multilocus sequence typing,MLST）是一种基于核酸序列测定的细菌分型方法。这种方法通过PCR扩增多个管家基因内部片段并测定其序列，分析菌株的变异。

分析工具：SRST2(http://katholt.github.io/srst2/)，该工具不仅可以基于2代测序数据，来对MLST的管家基因进行分析，从而找出SNP，还能识别抗生素抗性基因（resistance genes）、毒力因子（virulence genes）

多位点序列分型数据库：http://pubmlst.org

软件使用说明：

标准化毒力因子数据：

get_all_vfdb.sh CP_VFs.ffn ./VFDB

脚本：get_all_vfdb.sh 存在于软件安装目录下（database_clustering）

CP_VFs.ffn 文件可以从网址处下载：(http://www.mgc.ac.cn/VFs/Down/CP_VFs.ffn.gz）

运行脚本：

srst2 --input_pe PE_1.fastq.gz PE_2.fastq.gz --output strainA_test --log --gene_db resistance.fasta

阅读┊ 收藏 ┊ 喜欢 ▼ ┊打印┊举报/Report