加载中…使用sortmerna软件从宏转录组数据里面过滤rRNA数据
(2015-04-16 13:42:35) | 分类： 生物信息学 |
./indexdb_rna
--ref
建立index可以单独建立，也可以多个多数据库一起建立，命令如下：
4:合并与分解文件
该软件的输入与输出为一个文件（fastq or fasta），因此即使你是双端测序，也要合并成一个文件，合并命令如下：
对于输出的一个文件的拆解命令如下：
./unmerge-paired-reads.sh merged-reads.fastq
forward-reads.fastq reverse-reads.fastq
这两个脚本在软件中我没有找到，但是可以在网上下载到，网址如下：https://github.com/biocore/sortmerna/tree/master/scripts
5:过滤宏基因组的rRNA数据
./sortmerna --ref ./rRNA_databases/silva-euk-28s-id98.fasta,./silva-euk-28s-id98.idx --reads H01_shuffle.fastq --sam --num_alignments 1 --fastx --aligned H01_rRNA --other H01_no_rRNA.fasta
期间可以添加多个数据库中间用“:”隔开
6：由于版本的原因SortMeRNA version 2.1, 01/02/2016，需要说明一下：
SortMeRNA 是基于单端的数据去做分析的，存在一端比对上，另一端比对不上的情况，这种情况下，可以选择参数：
--paired_in 则将两端的数据都算作rRNA
--paired_out 则将两端的数据都不算做rRNA
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