加载中…合并contig数据以完成基因组组装(MIX&&CISA)
(2014-08-13 19:16:17)| 分类： 生物信息学 |
网站链接：https://github.com/cbib/MIX
参考文献：Finishing
bacterial genome assemblies with Mix
文献链接:
http://www.biomedcentral.com/1471-2105/14/S15/S16
安装什么的都在网站链接里面提供的很详细了，例如：
preprocessing.py -o contigs.fa asm.quiver.fasta NGS_contig.fa
注：asm.quiver.fasta 我这里为一个测序平台输出的contig
NGS_contig.fa
nucmer --maxmatch -c 30 -l 30 -banded -prefix=alignments contigs.fa contigs.fa
show-coords -rcl alignments.delta > alignments.coords
注意：以上两步需要安装Mumer软件
Mix.py -a alignments.coords -c contigs.fa -o output_dir/
cd-hit-est -i
contigs.fa -o cdhit/contigs.fa
-c
注意：最后这一步是我自己加的建议使用，相关参考见链接：http://ged.msu.edu/angus/metag-assembly-2011/velvet-multik.html，关键聚类的参数－c 可以多设置几个值看看
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软件文章：2013-CISA: Contig Integrator for Sequence Assembly of Bacterial Genomes
软件链接：http://sb.nhri.org.tw/CISA/en/Instruction
下载以后即可以使用，需要修改两个配置文件：
配置文件一（Merge.config）：（作用就是将来自不同方法或者不同仪器拼接的contig整合在仪器）
运行命令：
配置文件二（CISA.config）：（设定该软件需要的其它软件以及文件输入输出的路径，以及制定基因组大小）
运行命令：
（附说明：该软件自我感觉没有Mix好）
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