加载中…HMMER学习笔记
(2014-05-14 23:46:22)| 分类： 软件安装 |
hmmbuild （建立参考数据的隐马尔可科夫模型）
输入：多重序列比对的文件（Stockholm file）
输出：建立的这些多重序列比对的隐马尔可科夫模型，
例子：
hmmalign （多重序列比对）
输入：输入是fasta文件和建立的模型文件
输出：Stockholm 格式的多重序列比对文件
例子：hmmalign globins4.hmm tutorial/globins45.fa
hmmsearch（在数据库中寻找已经建立好的模体）
输入：建立好的参考数据模型、要搜索的数据库
输出：输出结果
例子：
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输入:tutorial/HBB HUMAN 是你要检测的fasta格式的序列，uniprot sprot.fasta你要搜索的数据库
phmmer
tutorial/HBB HUMAN uniprot sprot.fasta
nhmmer（类似于blastn，输入的query可以是fasta格式的DNA或者RNA序列,但是只能是一条。如果是多条请先做多重序列比对（hmmalign），然后使用建立模型(hmmbuild)，然后生成的hmm作为输入）
nhmmer MADE1.hmm dna target.fa >
MADE1.out
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如果你有未知的序列去搜寻已知的模型数据库，例如：Pfam, SMART, or TIGRFams.这个时候搜寻的过程就使用hmmscan,相应的核酸序列就使用nhmmscan.
首先还是要建立模型数据库，如果你要合并多个可以直接:
cat globins4.hmm fn3.hmm Pkinase.hmm > minifam
如果你仅仅有的是模型数据库的多重序列比对格式文件例如来自pfam数据库的（Stockholm file）Pfam-A.seed文件：你可以利用hmmbuild 建立模型数据库：
hmmbuild Pfam-A.hmm Pfam-A.see
生成的文件为pfam-A.hmm
由于你一般建立的模型数据库比较大，所以需要建立index,运行：
hmmpress minifam（感觉有点像formatdb）
最后运行：
hmmscan minifam tutorial/7LESS DROME
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以上说明仅供参考，一切还是以hmmer的使用说明为主。
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