** if you want to run dbCAN CAZyme annotation on your local linux computer, do the following:
** 1. download dbCAN-fam-HMMs.txt, hmmscan-parser.sh and all.hmm.ps.len
** 2. download HMMER 3.0 package [hmmer.org] and install it properly
** 3. format HMM db: hmmpress dbCAN-fam-HMMs.txt
** 4. run: hmmscan dbCAN-fam-HMMs.txt yourfile > yourfile.out
** 5. run: sh hmmscan-parser.sh yourfile.out > yourfile.out.ps (if alignment > 80aa, use E-value < 1e-5, otherwise use E-value < 1e-3; covered fraction of HMM > 0.3)

这里需要说明的一点是，我在运行命令的时候报错(Ilegal division by zero at -e line,<>line1)，当然是在运行最后一步 hmmscan-parser.sh结果解析的。（遇到错误的情况请确保你生成的所有文件都与你下载的数据库文件保持在同一目录下）

不过你可以在第四步运行hmmsan的时候对输出结果进行控制。例如输出类似blast形式。此外还有E值的设定，例如：

hmmscan --tblout CAZYme.txt -E 10-20 dbCAN-fam-HMMs.txt your.fasta

这时候你可以看看输出结果CAZYme.txt差不多就可以了。