加载中…使用interproscan对蛋白质序列或者基因序列进行注释
(2014-02-26 13:07:21)
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分类： 软件安装 |
目前interproscan（http://www.ebi.ac.uk/interpro/）已经升级到5版本请下载最新版本及相关数据库。
关于最新版本的介绍，请参见网站：http://code.google.com/p/interproscan/wiki/Introduction
不同于以前的版本，当前版本只需要下载两个数据就可以了：
安装interproscan: (linux版本 下载完毕直接解压就可以)
下载Panther
Models：（ 将模块解压到 cd
ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/software/unix/iprscan/5/data/panther-data-8.1.tar.gz
可以输出的结果形式包括：TSV，XML，GFF3，HTML，SVG，可以给出kEGG\GO\ipterpro注释
interproscan.sh -i
test_proteins.fasta -d out_dir/ -f tsv,html -iprlookup -pa
-goterms
参数设置：http://code.google.com/p/interproscan/wiki/HowToRun
默认输出的是蛋白质序列，也可以是核酸序列请添加参数：-t
n
错误注意：（导致的错误如）
centos
x86-64需要安装32运行库支持，否则运行interproscan会包找不到/lib/ld-2.12.so库，安装方法：
yum install
glibc.i686
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