这里主要用到的程序是nucmer,其实nucmer 可以代替 mummer程序，所以不用care第一个程序了。直接介绍nucmer.

2:nucmer  多条核酸序列之间的比对,使用于定位DNA序列的保守区，适用于一条参考序列对多条未知序列的比对。(一条参考序列和多条contig) 它的结果可以用mummerplot进行画图，也可以使用mapview.

nucmer -p nucmer ref.fasta query.fasta     生成文件：nucmer.delta

show-coords nucmer.delta > nucmer.coords     生成文件：nucmer.coords

可视化比对结果：

A:解析MUMmer比对结果：(文件输入为：nucmer.coods输出:nucmer.tab)

nucmer_coords2ACT_galaxy.pl（http://toolshed.g2.bx.psu.edu/repos/abossers/mummer_toolsuite/file/6753195df9e0/MUMmer/nucmer_coords2ACT_galaxy.xml）

B:可视化软件：(文件输入：nucmer.tab)

（ACT: Artemis Comparison Tool，http://www.sanger.ac.uk/resources/software/act/）

输入注释文件，从GenBank下载####.gb文件，然后从read entry中输入，输入文件类型选择（Artemis Files,default）。

3：PROmer 比对多条离散的核酸序列，在比对之前先将DNA序列翻译成蛋白质序列，以6个氨基酸为基长，产看保守性。性能要好于NUCmer.其它的雷同。(具体运行参见http://mummer.sourceforge.net/)

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在运行nucmer的时候会遇到报错，报错信息如下：

ERROR: mummer and/or mgaps returned non-zero

重新编译安装mummer软件:

make uninstall

make CPPFLAGS="-O3 -DSIXTYFOURBITS"

主要是你输入的序列大于软件设定的内存了，以上重新编译可以增大内存。另外运行的时候也要注意在大内存节点上运行。

4:如果遇到错误

 Can't use 'defined(%hash)' (Maybe you should just omit the defined()?)

修改办法

perl -i -pe 's/defined \(%/\(%/' /home/fanyucai/software/mummer/MUMmer3.23/mummerplot