l  1：如果使用该软件请引用[1, 2]，下载地址：http://kiwi.cs.dal.ca/Software/STAMP。该软件主要是对各种数据分析指标进行方差分析，方差分析可以当做多个样本的T检验。

方差分析(Analysis of Variance，简称ANOVA)，又称“变异数分析”或“F检验”。

整个方差分析的基本步骤如下： 　　

1、  建立检验假设； 　　

H0：多个样本总体均数相等； 　　

H1：多个样本总体均数不相等或不全等。 　　检验水准为0.05。 　　

如果你计算出的p值大于0.05那么就接收H0

2、计算检验统计量F值； 　　

3、确定P值并作出推断结果

l  2：该软件可以输入来自MG-RAST、IMG/M、CoMet or RITA等分析管道处理出来的数据。具体可以参见使用说明（Create profile from...->）。此外，你还可以自己建立你独立的数据。

Creating your own metagenomic profiles，an example input files is given below:

例如：（Enterotypes.profile.spf）后缀名为spf

对于输入的文件，在Hierarchical level 对应的是下面方框中的Profile level,在参考数据中Hierarchical level设置的越多，那么下面的选择也越多。

Creating a metadata file，For example, a metadata file for the example profile above could have the structure:例如：(Enterotypes.metadata.tsv)后缀名为tsv

l  3：Graphical exploration  of  results

PCA plot: a principal component analysis (PCA) plot of the samples. Clicking on a marker within the plot indicates the sample represented by the marker.

一般情况下，你输入完数据后，系统自动处理数据，主界面上一般出现的是主成分分析的界面。一般会显示各个主成份之间互相搭配的图形。一般情况下只输出第一和第二主成份就可以了。主成份的目的主要是降维和对主成分进行解释。的确可以展现出分类。

除此之外，还可以选择其它输出结果。

Bar plot: a bar plot indicating the proportion of sequences assigned to each feature.（针对每个Hierarchical level 会有不同的结果和前面的相呼应）

       Box plot: a box plot is similar to a bar plot except the distribution of proportions within a  group are indicated using a box-and-whiskers graphic.（就是上面图的统计介绍）

       Post-hoc plot: the null hypothesis of a multiple group statistic test is that the means of all  groups are equal.（主要针对multiple group）

1.             Parks, D.H. and R.G. Beiko, Identifying biologically relevant differences between metagenomic communities. Bioinformatics, 2010. 26(6): p. 715-721.

2.             White, J.R., N. Nagarajan, and M. Pop, Statistical Methods for Detecting Differentially Abundant Features in Clinical Metagenomic Samples. PLoS Comput Biol, 2009. 5(4): p. e1000352.