1865年，京都，日本古都之一。

    新选组部队的总部设在一间高大庙宇中，在训练大厅里，为考核新应征者的剑术，一场比武正在进行着。司令官近藤勇和他的中尉土方岁三在一旁观战，部队中最优秀的剑手冲田总司在考核着应征者。有两个人被接收了：加纳惣三郎，来自京都城市家庭的一位年轻英俊的剑手，和田代彪藏，一位前苦目族低级武士。

    新选组是在三年前由德川幕府创建的，从全日本招募剑手，以控制越来越强大的激进派日本武士的行动，维护京都地区的和平。其主要目的是镇压反对幕府的革命运动。这支部队的军规突出地悬挂兵营的墙壁上。军规代表他们所处的境地：他们要受到军队准则的严格约束。看了军规之后，田代问加纳惣三郎，“为什么你要加入新选组？”加纳惣三郎只是笑了笑。自从他们参军的第一天起，田代就一直被加纳惣三郎独特的魅力所深深吸引。

    第二天，新选组的一名成员因违反军规被处死了。近藤称加纳惣三郎为刽子手，这位年轻人平静地将犯人斩首，没有溅到自己身上一滴血迹。近藤很崇拜加纳惣三郎，说他“有勇气”。但土方岁三却觉得惣三郎身上的勇气很特别。惣三郎加入新选组的一个月后，他的美貌引起了众多传言，有人说“他还是个处男”，有人说“田代想向惣三郎发起进攻，但他却一直在躲避田代", 还有人说，“惣三郎还留着男孩儿式的发型，这说明他有同志倾向”等等。

    一天，土方岁三让惣三郎和田代一起进行比武。很明显，惣三郎的剑术更加高超，但却不知为何软了下来，最后被田代打败。看着他们，土方岁三确信他们之间存在同志关系。另一个男子也在聚精会神地盯着这场比赛，他就是为惣三郎而着迷的右泽度次郎。秋天，近藤和几个同伴一起去反幕府运动的发祥地声讨这些叛民。在近藤外出期间，发生了一件意外，惣三郎认识了伊能原三郎，新选组的领袖之一。

    尽管新选组大部分是由激进的年轻男子组成，伊能却是一个年过四十，过着与世无争生活，性格独特的人。他与近藤，土方岁三和冲田来自同一个省份，在他们学习过的所有学校中学过击剑。同时伊能与近藤和土方岁三一样，同出自农民家庭。自新选组创建以来，伊能一直是其主要领导人。因此有传言说实际上是这四个人在统治着这支军队。但与其它三人不同的是，伊能的击剑术并不好。

    一天，惣三郎必须与伊能一起练习击剑，因为惣三郎可以帮助伊能提高水平。他们的练习蹩手蹩脚地进行着。两个反幕府的武士恰巧从旁边经过，看到他们的动作使嘲笑道，“这就是新选组的部队吗？”

    第二年，反幕府的武士们在一个名叫“生田家”的小客栈里举行秘密会议。新选组得知此事之后，对该客栈进行了突袭。新选组因此落下了一个“强暴团伙”的名声。惣三郎后悔使新选组蒙受了耻辱。右泽利用他精神上的不安，迫使他与自己发展同志关系。土方岁三命令惣三郎了结此案，经过彻底的搜查，惣三郎发现了一直在监视他们的两名武士。那个晚上，伊能和惣三郎突袭了这两名武士停留的客栈。伊能受伤，惣三郎额头部分被划伤。但他们最终被土方派出的援兵救出。在新选组部队回到总部的路途中，田代与受伤的惣三郎并肩而行，并一遍一遍地呼喊他的名字，引起了旁边右泽的嫉妒。

    近藤在一个雪花满天飞的冬日回到了京都，而这时右泽却被谋杀了。在土方岁三的命令之下，山崎对此事展开了调查，却没能发现凶手的任何一点儿蛛丝马迹。春天，土方岁三下令山崎给惣三郎找一个女人，因为近藤担心通讯录会在新选组成员中盛行。

    山崎不断邀请惣三郎去一家妓院，均被他谢绝。惣三郎误解了他的意思，认为山崎想诱使他做错事。但一个月后，惣三郎开始对山崎表示出友好。为了使自己远离魅力十足的惣三郎，山崎给他介绍了一个妓女。由于坚信他对山崎的爱一定能够实现，惣三郎拒绝了妓女，并因此引发了一场骚乱。当晚有人在山崎回家的路上对其进行伏击。他的反击击退了杀手，但后者在现场掉了一把刀子。山崎进行了调查，发现刀子是田代的。近藤决定杀死田代，他让惣三郎执行此次任务并派土方岁三和冲田在暗中保护。

    夜幕降临，土方岁三和冲田守候在河边，冲田提到，如果有任何人试图挡在近藤和土方岁三中间，这个人必须被处死。他给土方岁三讲述鬼神故事集中一个通讯录片段。听着这些，土方岁三开始想像惣三郎与几个男子之间的关系。

惣三郎与田代在河边出现了，一场刀光剑影般的争斗开始了。被怀疑谋杀了右泽，袭击了山崎的田代喊到，“是你干的！是你偷了我的刀，并栽赃于我！”因为被出卖，田代最终激怒并向惣三郎发起了攻击。田代把惣三郎逼到了角落里，惣三郎嘟囔着，“原谅我。”听到这话，田代软了下来，惣三郎趁机将其砍死。

    土方岁三和冲田在细雨中离开了现场。冲田在说完“我会记住我有事要做”之后就离开了。知道冲田准备杀死惣三郎的计划后，土方岁三浑身上下产生了由一种不可明状的情绪，他狂暴地喊着“魔鬼魔鬼”，并疯狂地挥动着他的长剑。附近一棵樱花树慢慢地倒下了。在雨中，土方岁三站立在散落满地的樱花之中。

    两年之后，德川幕府败给了日本军队，武士时代结束了，日本踏上了现代化的征程。近藤勇被处死，土方岁三和伊能原三郎战死疆场，冲田死于疾病，在成立之后仅仅七年，新选组就拉下了它的帷幕