深夜食堂坐落在小胡同里，老板（小林薰饰）神情柔和地站在食堂门口，仿佛在迎接着脾胃和心灵都需要慰藉的食客们。老板脸上有一道神秘的伤疤。店内的菜谱上只有一道猪肉汤套餐，但如果客人想吃别的，只要他会做都能满足要求。话不多，总是静静地倾听客人的诉说，默默地为他们添茶加饭。

      小小的深夜食堂，迎来送往这个喧嚣都市内奔波疲惫的人们。他们漫无目的，或者迷失方向，却往往不经意间在这个蕞尔角落找到前行的希望。

      每当在工作中遇到烦心事，出版社编辑赤冢范子（河井青叶 饰）便穿着丧服在大街上游荡，以求缓解工作压力和情感上的孤独。在爷爷的葬礼上偶然结识了一名男子（佐藤浩市 饰），虽是和尚，两人却一见钟情，干涸的心田便为爱情所滋润。

       经营荞麦面生意的高木圣子（木村绿 饰）自从丈夫去世后就与儿子清太（池松壮亮 饰）相依为命，清太不喜欢吃荞麦面却喜欢吃乌冬面，常常跑到深夜食堂吃面，他对于继承家业不感兴趣。因为奶奶住院才到店里帮忙，在送外卖时，与比自己年长15岁的运输公司女职员木村纱织（小岛圣 饰）结缘而相恋，而一直与圣子好姐妹相称的圣子却全不知情。清太想要结婚，却遭到圣子的强烈反对。为了向母亲证明自己已经长大，清太悄悄地开始学习做荞麦面，准备继承家业。圣子晚上到食堂诉苦，总是在人前抱怨儿子长不大，其实是她自己过度依赖儿子。当发现她向来视为小孩的儿子已经慢慢成长为打算成家立业的男人时，她起初强烈反对，最后终于学会了放手。

      年逾古稀的老太太夕起子（渡边美佐子 饰）年轻时曾抛弃年幼的儿子，与人私奔。对这件事她一直心怀愧疚。所以当接到诈骗电话时，虽然明知不可能是儿子打来的，仍带着巨款从九州赶到儿子生活的城市——东京。被谎称是儿子同事的人骗了钱财后流落街头，辗转来到深夜食堂。小暮帮忙找到了夕起子的小叔子，要带她回家。谁料夕起子并不想离开东京，这趟前来，原来她有个未了的心愿。

      小暮（小田切让 饰）是深夜食堂所在街道的派出所警察。举止温柔，有点怯生生但又充满正义感，很受周围的女孩子欢迎。老板找来小暮，希望他能满足夕起子想见儿子的夙愿。小暮想了一个办法，找到夕起子儿子的家，说自己迷路了，希望得到帮助，在马路边，夕起子坐在出租车里，看到自己的儿子一家三口其乐融融，终于了却心愿。

2019年2月16日，CTV-6播出日本电影《深夜食堂2》，第一次观看。