加载中…OTU测序后数据处理——venndiagram韦恩图
(2016-12-10 18:25:23)
标签：
r语言韦恩图 |
分类： R语言 |
一分钟搞定生物测序维恩图，OTU测序后，测序公司会返回数据，但是我们要自己提取和处理自己想要的数据。
下面就是一个例子。
1 denovo1 0
0 1 3
2 denovo2 0
3 3 1
3 denovo3 4
2 0 2
4 denovo4 0
0 0 1
5 denovo5 3
2 1 3
6 denovo6 0
3 4 2
7 denovo7 3
0 1 3
8 denovo8 1
2 2 2
9 denovo9 2
3 4 0
10 denovo10 4 3
4 2
11 denovo11 2 1
1 4
12 denovo12 1 4
0 0
13 denovo13 2 0
4 0
14 denovo14 4 4
0 3
15 denovo15 3 3
2 3
16 denovo16 4 0
3 2
17 denovo17 2 1
2 1
18 denovo18 4 2
3 4
19 denovo19 4 2
3 4
20 denovo20 3 2
0 0
运行以下代码
rt<-read.csv("data1.csv",as.is=TRUE)
> sampleCol=c("B0","B1","B2","B3")
> library(VennDiagram)
载入需要的程辑包：grid
载入需要的程辑包：futile.logger
> list1=list()
> for(i in sampleCol){
+ rt1=rt[rt[,i]!=0,]
+ print(head(rownames(rt1)))
+ list1[[i]]=rownames(rt1)
+ }
[1] "3" "5" "7"
"8" "9"
"10"
[1] "2" "3" "5" "6" "8" "9"
[1] "1" "2" "5" "6" "7" "8"
[1] "1" "2" "3" "4" "5" "6"
>
venn.diagram(list1,filename="venn.tiff",fill=rainbow(length(sampleCol)))
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