第二讲：

2. Sequence Context Bias（测序偏好性）

以上的讨论还仅仅限于那些容易被测到的DNA序列。事实上，许多测序方法由于自身技术及原理的局限性，对于某些序列或者极端的碱基组成无能为力，所以对于这些区域，准确率是0%。

尤其对于极端AT-rich或GC-rich的DNA，高度重复序列，长同型核苷酸延伸（long homonucleotide stretches）等区域，许多测序系统完全测不到或者测序质量不好。同样，回文序列在这些测序平台中也无法被测到，因为回文序列DNA在样本制备的扩增阶段就已经丢失了6。基因组上这些区域往往缺乏coverage，得到的测序结果不完整，导致基因组拼接时contigs片段化严重，有时甚至会丢失掉10%以上的基因组7,8，这无疑妨碍了全面鉴定DNA序列以及对于完整基因组的构建。

SMRT测序并不会表现出这种序列偏好性，在整个基因组的表现都非常稳定，即便是那些被认为非常难测的区域。这一优势可被用于close那些其他测序平台上产生的gaps。一个极端的例子可以用来证明SMRT测序的无偏好性，那就是对数千个碱基组成的100%GC含量区域的测序：CGG三核苷酸的重复会导致Fragile X 综合征10（见图5）。同样，因为SMRT技术在样本制备时无需扩增，也不会收到回文序列的影响。 

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