加载中…高通量测序中，read、contig和Scaffold分别是什么？
(2012-01-29 16:48:00)
标签：
高通量测序生物信息分析基因组拼接readcontigscaffold杂谈 |
分类： 技术文章 |
来自美吉生物的答案：
1.
高通量测序平台产生的序列就称为reads。
2.
拼接软件基于reads之间的overlap区，拼接获得的序列称为Contig（重叠群）。
3.
基因组de novo测序，通过reads拼接获得Contigs后，往往还需要构建454 Paired-end库或Illumina Mate-pair库，以获得一定大小片段（如3Kb、6Kb、10Kb、20Kb）两端的序列。基于这些序列，可以确定一些Contig之间的顺序关系，这些先后顺序已知的Contigs组成Scaffold。
详见美吉生物网站：www.majorbio.com
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