加载中…【Sanger测序分析】EST测序
(2011-07-07 16:14:40)
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est测序基因表达谱分析ssr标记表达序列标签杂谈 |
分类： 技术服务 |
EST（Expressed Sequence Tag）表达序列标签是指随机从构建的cDNA文库中挑选克隆，并进行5'端和3'端一次性测序所获得的短cDNA部分序列，一般长度为150～500bp。虽然EST只是完整基因的一部分，但是其序列长度已足以代表该基因，因此可以采用EST特异性地标记基因。目前，EST的数目比GenBank中其他核苷酸序列多，所以在EST 库中更容易搜寻到新的基因，它已被广泛地应用于基因的识别。另外，由于EST 来源于特定组织在特定环境下总mRNA所构建的cDNA文库，因此EST也能说明该组织中各基因的表达水平。
EST测序的应用
- 基因表达谱分析
- SSR标记的发掘
- 作为构建分子标记连锁图谱的探针
- 从峰图到序列的转化，去除低质量的序列和载体序列
- 序列拼接
- EST注释
- ORF预测及分析
- 基因注释（NR、NT数据库）
高级信息分析
- 功能蛋白分析
- Interpro功能域分析
- 序列属性及其对应Unigene的分析
- COG分析
- Pathway分析
提供结果
- 测序峰图及序列文件
- 生物信息分析报告
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