随着细菌基因组研究的迅速发展，全基因组测序已逐步成为微生物基础研究的重要手段之一。截至2010年11月，全世界已发布了1748个细菌基因组、61个真菌基因组和103个古细菌基因组序列。新一代高通量测序技术大大减少了基因组测序的成本和时间，让更多实验室可以开展微生物基因组测序项目。

根据不同的研究目的和测序要求，细菌基因组测序可分为四种类型：细菌基因组Scanning、细菌基因组框架图、细菌基因组精细图和细菌基因组完成图。美吉生物灵活应用Roche 454长片段测序、Illumina Solexa短片段高覆盖测序，结合454双末端测序（Paired-End Sequencing）及Solexa末端配对测序（Mate-Pair Sequencing，MP）技术，针对不同的基因组测序类型，提供专业、合理、高性价比的测序服务。

 

美吉优势

1.    拥有自主实验室和高通量测序平台，可以根据合作伙伴要求灵活安排实验，实验周期短，质量可靠。

2.    拥有ABI3730xl常规测序平台、Roche 454高通量测序平台和Illumina Solexa高通量测序平台，三种平台联合应用，优势互补，在微生物基因组测序中取得1+1+1>3的效果。

3.    技术人员经验丰富，每年完成数百个BAC全长测序、几十个微生物基因组测序的Gap Closing工作。

4.    拥有专业的生物信息团队和大型计算机平台，可以为合作伙伴提供个性化的生物信息分析服务。

 

一.  细菌基因组Scanning

细菌基因组Scannning采用Illumina 测序技术，对基因组进行50×低深度测序，根据序列组装结果，以获取基因组序列的基本信息。

 

二.  细菌基因组框架图

细菌基因组框架图采用Illumina短片段测序技术和末端配对测序（MP）技术，对基因组进行100×深度测序。MP测序数据用来确定Contigs之间的排列关系，结合100×测序深度，可以得到较佳的基因组拼接结果和较高的基因区覆盖度，为随后的基因组信息挖掘提供良好基础。

生物信息分析

1.    原始数据统计

2.    序列组装

3.    基因预测

4.    常规基因功能注释

 

三.  细菌基因组精细图

为了避免单个平台的测序偏向性以及短片段造成的基因组组装错误，细菌基因组精细图采用Roche 454长片段双末端测序技术（Paired-End）搭建基因组框架，然后进行Illumina 短片段高覆盖测序（100×），将短片段序列mapping到基因组框架中，即可获得高质量的基因组精细图。在此基础上，可以借助ABI3730xl测序平台对整个基因组或其中的某一区域进行Gap Closing。

生物信息分析

1.    原始数据统计

2.    序列组装

3.    基因预测

4.    基因功能注释

 

四.  细菌基因组完成图

细菌基因组完成图采用Roche 454长片段双末端测序技术（Paired-End）搭建基因组框架，然后进行Illumina 短片段高覆盖测序（100×），将短片段序列mapping到基因组框架中，获得基因组精细图，再借助ABI3730xl测序平台对整个基因组进行Gap Closing，即可得到基因组完成图。

生物信息分析

1.    基因组序列拼接

原始数据统计、基因组覆盖度计算、Contigs长度分布等。

2.    基因注释

编码基因预测，基因功能注释（NR、Swissprot、Interpro等）、Non-coding RNA注释、重复序列注释等。

3.    基因功能分类

COG功能分类、KEGG通路分析等。

4.    比较基因组及进化分析

与近源物种的基因组序列对比，进行SNP、SV等变异结构检测、pan-genome和core-genome组成分析、同源基因分析、进化分析等。

http://s3/middle/80d2d9fdga775284edd82&690

                           细菌基因组圈图                   COG功能分类

成功案例

美吉生物已成功完成细菌精细图26例和细菌完成图15例。部分完成图数据如下：

 

细菌名称	双歧杆菌	芽孢杆菌	某海洋菌	链霉菌	单胞菌
基因组大小	2.1Mb	4Mb	7.2Mb	11Mb	5Mb
基因组复杂度	简单	中等	中等	高GC	IS多，部分区域结构复杂
GC含量	59%	46.6%	34.4%	71%	63.9%
测序方法	454 Single & Sanger	454 Single & Sanger	454 Paired- End & Sanger	454 Paired- End & Solexa	454 Paired- End & Solexa
Scaffolds（个）	5	37	13	24	17
Contigs（个）	5	37	82	125	47
精细图周期	1个月	1个月	1个月	1个月	1个月
完成图周期	1个月	1个月	2.5个月	2个月	3个月