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本研究最具创新点就是开发的一种基于可逆补骨脂素交联（psoralen crosslinking）的方法PARIS技术，可以在活细胞中以近碱基对分辨率整体绘制RNA双链图谱。

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改方法分为以下几个关键步骤：

研究人员通过在三种人类和小鼠细胞类型中进行PARIS分析，揭示出了转录组内的常见远程结构、高阶结构及RNA-RNA反式相互作用。PARIS在单分子水平上确定了碱基对互作，揭示了普遍的选择性构象。

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RNA结构及分子间互作对于基因表达程序的几乎每一个步骤都至关重要。结构化RNAs是细胞中一些关键分子机器，如剪接体、核糖体和端粒酶的重要组件，RNA结构对控制mRNA和非编码RNA功能起重要作用。碱基配对控制着RNA折叠和RNA-RNA互作的能量学。尽管近年来在测量活细胞中RNA结构方面取得了一些进展，当前的方法主要提供的是一维信息。

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由于远程结构、伪结、选择性结构、重复序列和RNA-RNA互作的存在，推断活细胞中的转录组结构尤其具有挑战性。其中XIST就是一个例子，XIST是真哺乳亚纲动物雌性细胞中X染色体失活必需的一种长链非编码RNA (lncRNA)。XIST介导表观遗传沉默的关键区域A-重复序列(A-repeat)是由一段序列7.5或8.5个几乎完全相同的拷贝所构成，当前已提出了多个结构模型。对于XIST与关键伙伴蛋白如SPEN之间互作的结构基础也不清楚。这些挑战突显了需要进一步的技术进展，来解决细胞中大多数编码及非编码RNA的结构。

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研究人员利用PARIS确定的螺旋作为指导，对RNA结构进行了进化分析，发现了一些保守的远程结构和选择性结构。结合PARIS、icSHAPE、进化分析和iCLIP，他们还揭示出了XIST lncRNA的总体结构，以及SPEN结合XIST A-重复序列的机制。作者们表示，PARIS是认识RNA结构组与互作组的一种广泛适用且灵便的方法。