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(2013-09-25 23:08:07)
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北大健康中心lncproncrna-蛋白相互作用lncrna教育 |
分类： ncRNA |
北大健康中心开发lncPro：预测lncRNA-蛋白相互作用
虽然大部分的转录本是长链非编码RNAs（lncRNAs），其功能知之甚少。lncRNAs通常履行功能，通过与蛋白质的相互作用，这意味着识别lncRNA的结合蛋白的重要性，有助于理解潜在的lncRNA功能的分子机制。目前只有少数的方法被用来预测lncRNAs和蛋白质之间的相互作用。
现在由北京大学健康科学中心的研究人员领导的一个小组已经开发出一种新方法，名叫lncPro。通过将RNA和蛋白序列编码成数字向量，他们使用矩阵乘法来对每个RNA-蛋白配对进行计数。计数数值可以被用来测量RNA和蛋白配对之间的相互作用。这种方法有效区分RNA和蛋白配对之间的相互作用和非相关作用，并预测一个给定复合物中RNA和蛋白的相互作用，将这个方法应用于所有人类蛋白，他们发现收集的这些长链非编码RNA与核蛋白以及RNA结合蛋白相互作用
与现有的方法相比，这种方法缩短了培训矩阵的时间，在所使用的模型的基础上获得最佳的结果。预测lncRNAs和蛋白质之间的关联的能力也得到了增强。
大家可以通过以下网址进行应用- lncPro：http://cmbi.bjmu.edu.cn/lncpro
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Lu Q et al. (2013)
Computational prediction of associations between long non-coding RNAs and proteins. BMC Genomics 14, 651. [abstract]
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