通常意义上的lncRNA,是指转录本长度超过200个核苷酸的RNA转录本。这是一方便的定义,只是根据剔除小RNA 的实验阈值来对lncRNA进行的约定。lncRNA长度分布可从几百到十几万nt。非编码RNA领域是当前研究热点,取得了很多成果,但大部分研究都集中在microRNA方面。对长非编码RNA(long noncoding RNA,
lncRNA)的研究相对来说较少,lncRNA仍属于当前研究最不清楚的转录产物之一。
lncRNA功能多样,主要表现在调控基因表达和表观遗传修饰方面。lncRNA能形成一定的二级结构,结合转录因子等蛋白质,调节蛋白质的活性,从而广泛影响转录调控。lncRNA能招募染色质重构复合体到特定染色质位点介导相关基因的表达沉默,lncRNA也可直接结合到DNA上,如基因promoter区,影响其转录。已了解的lncRNA的主要功能还包括:参与mRNA的稳定和翻译水平的调节、参与蛋白质的运输、参与RNA的加工和修饰等。与蛋白编码基因转录水平相比,lncRNA的表达水平一般都比较低,这可能与lncRNA主要参与调控作用的功能相适应。
lncRNA与疾病关系也很密切,已报道的研究主要集中在肿瘤、神经退行性疾病等方面。lncRNA可以作为疾病分子标记物。在肿瘤细胞中,一些lncRNA的表达水平会发生显著改变,如前列腺癌中的lncRNA,DD3。这种表达水平的变化能够作为癌症诊断的标志物和潜在的药物靶点。
1、宏观分析工具
长链非编码RNA研究领域的进展离不开基因组测序和基因芯片技术的广泛使用,如通过构建cDNA文库和测序发现ncRNA;通过比较基因组生物信息分析发现ncRNA;利用tiling芯片、ncRNA芯片检测ncRNA。通过转录组测序或tiling芯片检测,可以在全基因组范围内系统地研究可转录RNA区域,有助于大量发现非编码RNA。基因芯片可以高密度检测所有非编码RNA,通过表达谱研究发现组织特异性、疾病相关性,就可以缩小研究范围,找出值得深入研究的ncRNA目标,再结合传统的基因敲除、RNAi等技术确定其功能和作用机制。
2、微观分析工具
KD方法
A、RNAi方法
化学合成的siRNA
艾博思生物引进国际上比较公认成熟的方法设计5对siRNA oligos,针对客户提供的非编码长链RNA进行干扰
shRNA载体构建
艾博思生物引进国际上比较公认成熟的方法设计5对shRNA vector,针对客户提供的非编码长链RNA进行干扰
B、反义核酸或者核酶技术
利用经典的ASO和Riozyme的方法进行抑制lncRNA的作用,艾博思可以提供DNA或者RNA的合成服务
C、小分子抑制剂的虚拟筛选
艾博思生物信息学团队,通过分子模拟ncRNA的结构,设计小分子抑制剂来干预ncRNA作用
OVER-Expression方法
艾博思生物可以给您全基因合成或者调取已经发现的所有的非编码长链RNA
艾博思生物可以帮你构建表达载体供您使用
选用载体: pcDNA3.1 等等
检测手段:
QRT-PCR
1.SYBR方法
2.Taqman探针方法
艾博思生物可以帮你设计引物和探针套装
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技术服务:RNAi服务,miRNA服务,荧光定量PCR、SNP检测(测序法/荧光PCR法)、高通量测序(454、Hiseq-2000)、基因芯片服务,miRNA芯片服务、引物探针设计与合成分子生物学产品:RNAi、miRNA、RNAi文库、miRNA文库、慢病毒、荧光定量PCR Mix,酶、核酸纯化等产品
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免疫学:抗体及其ELISA试剂盒-------Abcam、Epitomics、Abgent(全面的免疫学产品)、Santa Cruz、CST、R&D
荧光类:SYBR/Biotium (核酸凝胶染色试剂、EvaGreen荧光染料、CF染料等荧光试剂)
动物类:各种动物模型
综合类:Corning/Axygen/BD/FISHER(耗材)、MERCK、Millipore、Invitrogen、Roche、Sigma等
仪
器:各种类型小型仪器等
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