针对PD-1或CTLA-4（细胞毒T淋巴细胞相关抗原4 ，Cytotoxic T lymphocyte-associated antigen-4）的抑制性抗体，大多广范畴的归类于针对免疫核查点的抗体药物。然而，两者的作用机理和科学基础并不相同。在动物模型中，输入抗CTLA-4抗体可以引起T细胞产生不同类型的自体免疫反应。 CTLA-4的生理功能之一可能通过控制Treg细胞活性，来抑制T细胞对自体抗原产生反应，然而目前CTLA-4的生物学功能仍未十分明确。在试验动物和肿瘤患者的临床治疗中抗CTLA-1治疗常迅速引起大量T细胞在组织中浸润。这种T细胞如果在正常组织器官中浸润，可能导致“脱靶效应，off-target”，使得皮肤，胃肠道，某些腺体和肝脏等受到广泛，有时是致命性的损害。一些临床观察认为抗CTLA-4治疗诱发的自体免疫毒副作用与其抗癌作用是密切联系在一起的，其中对T细胞的活化和促进性作用很大程度上是肿瘤抗原非特异性的。而PD-1途径的主要生理功能是在于控制正在进行的炎症反应，防止炎症扩散，而不是参与系统性调节自身反应性T细胞活化过程。这些特点表明PD-1与CTLA-4治疗分属于并不相同的作用机理和科学基础的范围。最近一项比较PD-1和CTLA-1在晚期黑色素瘤中疗效的临床试验显示，在一些主要的临床指标中（疗效，生存期和副作用等方面），PD-1疗法（pembrolizumab）要优于CTLA-1疗法（ipilimumab）。