http://bioinfo.cs.ccu.edu.tw/wiki/doku.php?id=bwa下载bwa，或者从sourceforge下载。

http://sourceforge.net/projects/samtools/files/ 下载0.1.18版本samtools

注： http://bioinfo.cs.ccu.edu.tw/wiki/doku.php?id=bwa 下载的“samtools-0.1.7_x86_64-linux-免安装版.tar.bz2”是免安装版

1. Linux下bwa安装

因为我是安装在远程服务器上，安装命令如下：

1)      [test01@sjwj ~]$ su                       #首先进入管理员权限

Password:                               #输入root用户密码

2)      [root@sjwj test01]# cd /home/test01/lpp       #进入存储bwa文件路径

3)      [root@sjwj lpp]# tar -jxvf bwa-0.5.7.tar.bz2    #解压bwa

…..                                             #解压成功

4) 进入解压的bwa文件夹：make

……                                                #安装成功

5) 设置环境变量： export PATH=/home/test01/lpp/bwa-0.5.7

6)      输入bwa                                           

 #确实安装成功了，耶！

2   Linux下安装samtools安装

如果是是免安装版，直接用.

非免安装版安装:

1)  解压samtools

[root@sjwj lpp]# tar -jxvf samtools-0.1.18.tar.bz2

2） make

3） ##设置环境变量： export PATH=/home/test01/lpp/bwa-0.5.7

[root@sjwj samtools-0.1.18]# export PATH=/home/test01/lpp/samtools-0.1.18

[root@sjwj samtools-0.1.18]# cd ..

[root@sjwj lpp]# samtools         #安装成功

Program: samtools (Tools for alignments in the SAM format)

Version: 0.1.18 (r982:295)

Usage:   samtools [options]

5   如果没有设置环境变量，则要这样引用

./bwa

./samtools

4  rm –rf  /home/test01/lpp/samtools-0.1.7_x86_64-linux   #卸载文件

先取得管理员权限

6   像前面export设置环境变量，重启之后就没有了。

环境变量设置方法，有三个地方可以加。

1）将刚才的命令加到 /etc/profile 里面也可以，上两个是全局的配置，其他用户登录也可以用

(1)  [test01@sjwj ~]$ su                #进入管理员权限

Password:

[root@sjwj test01]# sudo vi /etc/profile  

(2)  i                                   #输入i

(3)  一直按向下箭头

（4）PATH=/home/test01/lpp/samtools-0.1.18/:$PATH；   #在文件后输入该命令

（5）etc

（6）:wq

（7）回车

（8）source profile                  #这样不用重启服务器就可以运行bwa,或者samtools

（9）[root@sjwj test01]# samtools

2）/etc/profile.d/ 这个文件夹里面你可以随便写一个 .sh 结尾的文件，把刚才的命令（上面的export命令: PATH=/home/test01/lpp/bwa-0.5.7/:$PATH）加入到里面

3）还有就是将刚才的命令写到  ~/.bashrc 里面，只有自己可以用

PATH=/home/test01/lpp/bwa-0.5.7/:$PATH