祖印寺位于浙江舟山市定海区，始建于五代后晋天福五年（940），历代几经辗转与修葺，形成如今舟山本岛规模最大的佛寺，号称“翁洲第一古禅林”。

祖印寺旧名“蓬莱院”，俗称“宋朝宫”，据载，该寺原坐落于蓬莱乡朐山（岱山县衢山岛斗镇）的南陀岙，北宋治平二年（1065）赐“祖印”额，改现名沿袭至今。南宋嘉熙二年（1238），邑令余桂迁寺至治所东南（现址），与普陀山接待寺合并为一，成为昌国县城主要的佛事场所，也成为赴普陀山朝圣之众的必经转驻之地。

祖印寺迁寺至治所后，经高僧相继开法主持，弘传佛法，元代时声誉鹊起，香火鼎盛。明代后，屡毁数兴，后大殿曾一度作为纪念舟山参将张可大和徐一鸣的“张公祠”与“徐公祠”。清初闭关海禁，岛民内迁，城垣尽毁，寺院殿宇亦毁于兵燹，惟大雄宝殿巍然不动，时人传为神异。康熙三十一年（1692），定海总镇兵蓝理募资修复，同治年间，募资扩建，宣统元年（1909），工商巨子、邑人朱葆三捐资再次重修，购置进口铁杪木为主要木料，现有建筑中天王殿、大雄宝殿、后大殿、钟楼以及东厢房等均为当时所建。1949年后，寺院被当作粮管所和盐业站的仓库，虽佛事中断，但寺院幸存。1982年，祖印寺被列为舟山市重点文物保护单位。1986年，舟山市迁出粮库，修复寺院殿宇，改作市博物馆之用。1994年，博物馆迁出，祖印寺被批准为开放寺院，恢复佛事活动。2003年，祖印寺对年久失修的后大殿、东厢房等进行整修。

祖印寺历史上经过多次修整与扩建，鼎盛时达到两进三大殿、东西两边厢房分四排三十六间的规模。现存寺院占地5125平方米，建筑面积为2212平方米，在中轴线上依次排列的有山门、天王殿、大雄宝殿、后大殿，左右分列有钟楼、鼓楼、厢房、斋堂等。除正三间系为近年重建，其余皆为清代建筑。