南少林寺位于福建莆田西天尾镇九莲山，是通过考证山中古建筑遗址林泉院而复建，是少林寺十座分寺中较早创建的分寺之一。因为规模宏大，武风鼎盛，影响南中国，故称之为南少林寺。

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南少林寺始建于南朝陈永定元年（557年），至北宋嘉佑年间（1056-1063），此寺已形成很盛的武风，成为我国东南沿海武术活动的中心。相传河南嵩山少林寺13武僧帮助唐太宗统一中国后，唐太宗赐于“僧兵”，并准许在全国各地建立十座分寺。

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南少林寺遗址是在1986年-1988年的莆田县文物普查中被发现的，当时发掘出5个刻有“僧兵”、“诸罗汉浴煎茶散”等文字的北宋石槽，史载，只有少林寺才能冠之以“僧兵”二字。1990年12月，福建省考古队对寺院遗址进一步考古发掘，出土了“真觉大师、堤之塔、林泉院、天佑”等字样的唐代石刻和“长兴四年岁次癸巳正月”等字样的南唐陶质鸱尾等珍贵的历史文物。从而推测此林泉院遗址可能是南少林寺遗址。同时测定，该寺于清初被清兵焚毁。

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1992年4月25日，南少林遗址论证会暨重建莆田九莲山南少林寺新闻发布会在北京人民大会堂举行。1998年12月8日，九莲山南少林寺重建工程竣工，开始向海内外开放。2007年莆田南少林寺恢复宗教活动。目前莆田南少林寺已初具规模，大雄宝殿、天王殿、钟鼓楼、山门以及赵扑初题额的“南少林”牌坊等，巍峨壮观，金碧辉煌。周围的古竹寺、霞梧院、九莲岩等大小寺院环绕着南少林寺，形成气势昂扬的寺院群落，重现了当年十方丛林的恢宏气度。

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