鲸鱼洞位于澎湖西屿乡北端的小门屿上，岛上遍布奇形怪状的玄武岩，黑色岩石间有一个海蚀形成的贯通的大岩洞，被称作鲸鱼洞，洞高约七、八米，是一个海蚀拱门。

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鲸鱼洞是小门屿最特殊的海蚀地形，原是玄武岩的海崖，经过海蚀作用将玄武岩不断的侵蚀，最后贯穿成一个海蚀门，在地理学上是比较特别的地形，在鲸鱼洞的一侧有二支海蚀柱，是另一海蚀拱门因顶部崩塌所形成的。

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关于鲸鱼洞的名称由来，当地大约有三种说法，一说是因为地形外观酷似鲸鱼而得名。二说是有鲸鱼窜入海蚀洞中，不得其门而死，当时居民前往分割鱼肉，鲸鱼洞的名称而此而生。第三种说法是有只小鲸搁浅在此而死，母鲸鱼悲愤之下，将岩壁撞出一个大洞而得名。

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