He helped popularize the idea that some diseases not previously thought to have a bacterial cause were

　　主语 谓语 宾语 同位语从句

actually infections, which aroused much controversy when it was first  suggested.

　　定语从句 时间状语从句

　　译文：他曾经帮助普及了这样一种观点，即某些之前被认为不是由细菌引起的疾病其实是感染造成的。当他第一次提出这种观点时，曾引起了激烈的争论。

　　分析：本句的主干为：He(主语) helped(谓语) popularize the idea(宾语)。其中宾语是省略了to的不定式，idea之后由that引导的是idea的同位语从句，展开说明idea的具体内容;之后出现的由which引导的非限定性定语从句，修饰宾语中的idea，且此从句中还包含了一个由when引导的时间状语从句。