MIMIC-III数据库搭建过程中的几个问题记录
(2018-10-22 20:41:04)
标签:
mimic-iiipostgresqlsqlmimiciii |
分类: 程序设计 |
问题1:postgres_load_data.sql会报错“Cancel request sent”。
解决:
导致该报错的原因主要是mimiciii schema未建立,现MIMIC官网也已同步更新纠正了该错误。
知道了问题的原因,那么解决的办法就是在mimic库下建立mimiciii schema即可。
代码如下:
CREATE SCHEMA mimiciii;
26个CSV文件所在目录:J:TEMP
4个SQL批处理文件所在目录: J:PostgreSQL_scripts
那么我们完整的建库代码如下:
汇总的代码如下:
DROP DATABASE IF EXISTS mimic;
CREATE DATABASE mimic OWNER postgres;
\c mimic;
CREATE SCHEMA mimiciii;
set search_path to mimiciii;
\i J:/PostgreSQL_scripts/postgres_create_tables.sql
set ON_ERROR_STOP 1
set mimic_data_dir 'J:/TEMP'
\i J:/PostgreSQL_scripts/postgres_load_data.sql
\i J:/PostgreSQL_scripts/postgres_add_indexes.sql
\i J:/PostgreSQL_scripts/postgres_checks.sql
2.运行测试代码,报:relation “icustays”does not exist!
select
from icustays
limit 10;
解决:出现该问题的时候,需要运行一句:set search_path to mimiciii;
参考资料:https://mimic.physionet.org/tutorials/intro-to-mimic-iii/