加载中…
个人资料
  • 博客等级:
  • 博客积分:
  • 博客访问:
  • 关注人气:
  • 获赠金笔:0支
  • 赠出金笔:0支
  • 荣誉徽章:
正文 字体大小:

MIMIC-III数据库搭建过程中的几个问题记录

(2018-10-22 20:41:04)
标签:

mimic-iii

postgresql

sql

mimiciii

分类: 程序设计

问题1:postgres_load_data.sql会报错“Cancel request sent”。

解决:

导致该报错的原因主要是mimiciii schema未建立,现MIMIC官网也已同步更新纠正了该错误。


知道了问题的原因,那么解决的办法就是在mimic库下建立mimiciii schema即可。


代码如下:


CREATE SCHEMA mimiciii;



26个CSV文件所在目录:J:TEMP


4个SQL批处理文件所在目录: J:PostgreSQL_scripts


那么我们完整的建库代码如下:


汇总的代码如下:


DROP DATABASE IF EXISTS mimic;


CREATE DATABASE mimic OWNER postgres;


\c mimic;


CREATE SCHEMA mimiciii;


set search_path to mimiciii;


\i J:/PostgreSQL_scripts/postgres_create_tables.sql


set ON_ERROR_STOP 1


set mimic_data_dir 'J:/TEMP'


\i J:/PostgreSQL_scripts/postgres_load_data.sql


\i J:/PostgreSQL_scripts/postgres_add_indexes.sql


\i J:/PostgreSQL_scripts/postgres_checks.sql






2.运行测试代码,报:relation “icustays”does not exist!


select

  icustay_id, intime, outtime

from icustays

limit 10;


解决:出现该问题的时候,需要运行一句:set search_path to mimiciii;


参考资料:https://mimic.physionet.org/tutorials/intro-to-mimic-iii/




0

阅读 收藏 喜欢 打印举报/Report
  

新浪BLOG意见反馈留言板 欢迎批评指正

新浪简介 | About Sina | 广告服务 | 联系我们 | 招聘信息 | 网站律师 | SINA English | 产品答疑

新浪公司 版权所有