第十一话 大地
昏暗之中,Margulis跪在地上,对着一位穿着华贵衣装被称做教皇的人说话。对话中，提到了机密资料“Y”资料，而这份“Y”资料，目前正在一台百式中，这台百式，正是已经受到基金会保护的MOMO。而且，根据死里逃生的阿鲁贝德所说，“Y”资料似乎受到了更大的保护。之后，Margulis决定使用内部有灵魂之器的E.S.，这也代表了又一场斗争的序幕。
满身是伤的迦南接受着调整，在他体内，似乎有什么东西阻碍了他的程序。而这个东西，似乎和Miltia纷争有关，是数年前由一个军人交托给他的。而这个军人，就是Jin——紫菀的哥哥。Helmer要求迦南去支援一下管理局，因为管理局要对百式原型MOMO进行深层意识探潜。这时候，ELSA终于到了第二Miltia空间站。大家高兴地下了ELSA。Jr，Ziggy和MOMO去了**，而紫菀则去第二开发部移交KOS-MOS。
Ziggy需要先与接触小委员会做报告，他联络上了Mizurahi博士——MOMO名义上的妈妈。MOMO高兴地说期待和妈妈的见面，而Mizurahi博士似乎有点躲闪。
之后，众人又在路上相遇了，同时也遇到了受伤的迦南……
QUOTE：
    十四年前
    新闻中播报着合**失控的事件,电视前迦南收拾着包裹。这时候，Helmer出现，他给了迦南一个任务，和卡奥斯一起去完成一个危险的机密任务。有可能被U-TIC机关甚至是联邦军队攻击。
    两人驾驶着ES出发，在降落前，受到了无人机的攻击。迦南用他高超的技术解决了无人机，最后因为能源不足，两人被迫降落。在降落地，他们听到远方传来的飘渺的歌声，这正是Nephilim的歌声。这时候，2人又遭到了攻击，好在突然出现一台持剑的ES拯救了他们。里面的人走了出来自我介绍，他是Uzuki Jin大尉。知道2人在执行任务，Jin就带领他们去了目的地。路中，2人从Jin口中得知了有一个神秘的组织操控着U-TIC机关，想把某种神秘的资料实体化，而这份资料就是“Y”资料。而Jin手中，就有一份从某个人手中夺来的“Y”资料的一部分。
    就在这时候，3人受到了攻击，Margulis出现了。原来，他就是那个被夺走资料人。在打斗过程中，Margulis掉落了深渊，Jin把资料存入了迦南的身体内，然后也把资料盘扔进了深渊。之后，Jin离开了2个人，因为他还有不得不完成的任务。而同时，坍塌的U-TIC机关中飘来了黑色的雾，掩盖了2人……
    当众人走到了一片空地时，突然遭到了攻击，KOS-MOS和紫菀留下来断后，其他人赶去寻找迦南停放ES的地方——第二开发局。当大家找到2台ES回来打败敌人的2台ES的时候……却发现，紫菀抱着已经残缺不全的KOS-MOS……

第十二话 家族

紫菀按照原计划，和亚伦来到了第二开发局，见到了许多为KOS-MOS设计的武器——双刃剑。这些武器看形态就明白是具有巨大的威力的。而且，他们的系统竟然是从前第一开发局的凯文所开发的。
    “为了拯救人类吗？” 紫菀疑惑地想着。脑海中回响起和凯文在一起的往事。那时候，凯文前辈的话还在耳边：“不仅是为了破坏，更是为了开创未来……”
    紫菀走出了第二开发局，亚伦跟了上来，抱怨为什么今天的主任怪怪的，紫菀回答他自己要出去逛逛，并且把KOS-MOS托付给了亚伦。然后，独自离开。紫菀走进了一家名为MOBY DICK CAFÉ的咖啡店。紫菀高兴地走了进去，想不到，店长真的是自己的旧识……
    而这时候，Nigredo,Cannan等人进入了市**大楼,向Helmer报告有关情况，并且，把MOMO也带去进行调查。MOMO将要被送到U.M.N.管理中心接受解析。Helmer也交给了Nigredo一项新的任务。在走廊上Nigredo通过心电感应召唤到了阿鲁贝德想要获得情报，最后阿鲁贝德强行切断了通话。
    Jr和卡奥斯也走进了那家咖啡店，见到了紫菀。3人坐在一起吃饭，就在3人交谈的时候，又走进来一个客人，店长高兴地和客人打招呼，而紫菀却躲到了一边的角落里。原来，来的人就是紫菀的哥哥Jin。紫菀被发现后，无奈地坐回了座位。Jin就如普通的兄长一样，向Jr和卡奥斯打招呼。这时候，紫菀突然收到了通讯，是亚伦传来的，原来，修复KOS-MOS需要几天的时间，紫菀也可以好好休息了。这时候，Jin要求紫菀回家看看，也邀请Jr和卡奥斯同去，在紫菀的“威胁”下，Jr和卡奥斯答应了。
    来到Jin和紫菀的家中，发现，有许多的藏书……原来，紫菀的哥哥Jin有很大的5分钟热度的毛病，这一次的兴趣是开图书馆……这时，Jin要紫菀去祭拜父母，但是紫菀不愿意，因为，那里的墓碑下，并没有他们父母的尸体。于是，紫菀来到门前，准备离开，Jr陪同她一起告辞，但是卡奥斯要求留了下来。
    夜晚，卡奥斯和Jin坐在庭院旁赏月，两人果真是认识的。卡奥斯和Jin谈论起U-TIC机关以及和紫菀的事。Jin拜托卡奥斯照顾自己的妹妹。
    这时候，在宇宙中，Margulis和神秘人交谈着，Miltia的封印很快就会被阿鲁贝德解开，到时候，又是一场战斗的开始。
    夜晚，紫菀和亚伦仰头看着被曙光号挡去星光的天空。亚伦想起了和紫菀初识，还有，在墓碑前哭泣的紫菀。

第十三话 陷阱

Jr一早醒来出了门，今天，是MOMO的解析日。在UMN管理中心内，Juli，也就是MOMO名义上的妈妈出现了。不过Juli对MOMO的态度十分冷淡，直接和迦南交谈。这时候Juli要求一间安静的房间处理事情，MOMO的情绪显得十分低落，Jr有些生气，就在这时候，Juli突然对MOMO说，一切结束的话，会和MOMO一起生活。
    这时候，MOMO被带走了，房间中，Juli和Jr交谈着，这时候，他们谈到了一个人，MOMO的原型，Juli的女儿樱。樱和Jr之间有个约定，要求Jr好好照顾自己的妈妈和未来的妹妹MOMO。Juli在对Ziggy进行调试的时候，Ziggy和Juli谈起了她对MOMO的态度。原来，Juli无法面对一个和自己女儿长得一样而却不是女儿的“东西” Ziggy劝她把MOMO当做自己的另外一个女儿对待，Juli表示会考虑，之后离开了。
    在解析室中，正进行着最后的调整。Ziggy和大家站在一边鼓励着MOMO。解析开始了，听到另一台百式所说的要停止自己的模拟人格，MOMO迷茫了，难道，自己的心也是可以被选择了？像是在求助似的，MOMO把手伸向了Ziggy，而这时候，解析开始了，MOMO漂浮在了空气中，她的眼神是这么的迷茫……
    “解吸开始了？” Helmer这时候走了进来。解析过程困难重重，看着MOMO受苦的样子，没有人好过，就在MOMO的模拟人格被全部解开的时候，MOMO突然有了反应……
“不……行……”
    MOMO痛苦地在那里挣扎，玻璃屏障也裂开了
“这……是……陷……阱……”
    MOMO痛苦地挤出了这几个字，然后，所有的百式都倒了下来。
    这时候现场一片混乱，而这个陷阱，就是在天车中，被安装上的。Juli这时候想要破坏MOMO的资料库，不让敌人得到“Y”资料，而这个时候，Ziggy痛苦地叫住了她，Juli犹豫了。最后，她还是选择了自己的“女儿”。
    就在这时候，MOMO竟然把自己的神经回路切断，为了保护爸爸托付的东西。Juli拼命地对倒在地上的MOMO进行抢救，这时候，她真的把MOMO当作了自己的孩子。
    为了拿回MOMO身体内的“Y”