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真实的氢键照片

(2013-11-08 18:27:42)
标签:

氢键

原子力显微镜

激光拉曼光谱

光谱学与光谱分析

氢键质子受体

分类: 分子生物学专业
我多年研究氢键的技术证明,终于今天看到一个报道,有真实的氢键照片了!眼见为实,这让我倍感欣喜!
“我们在实验室直接观察到了分子间氢键!”2013年10月25日,国家纳米科学中心研究员裘晓辉告诉《中国科学报》记者。研究团队在超高真空和低温条件下,通过原子力显微镜(AFM)观测在铜单晶表面吸附的8-羟基喹啉分子,获得了其化学骨架、分子间氢键的高分辨图像。这一研究已在《科学》杂志在线刊登,并将于近期正式发表。 
一直以来,科学界普遍认为氢键是一种弱的静电相互作用,单分子尺度的氢键构型难以用红外、核磁共振、X射线晶体衍射等传统的实验技术直接获取。裘晓辉团队此次获得的氢键图像是国际上首次在实空间直接观测到分子间的氢键作用。 
对氢键特性的精确实验测量,一方面有助于从科学上阐明氢键的本质,解开自然界诸多奥秘。“另一方面,我们在原子、分子尺度上获得关于物质结构和性质的信息,对于功能材料及药物分子的设计也有重要意义。” 
此项研究由裘晓辉团队和中国人民大学副教授季威小组合作完成。
真实的氢键照片

Published Online September 26 2013
Science 1 November 2013:
Vol. 342 no. 6158 pp. 611-614
DOI: 10.1126/science.1242603
Real-Space Identification of Intermolecular Bonding with Atomic Force Microscopy

We report a real-space visualization of the formation of hydrogen bonding in 8-hydroxyquinoline (8-hq) molecular assemblies on a Cu(111) substrate, using noncontact atomic force microscopy (NC-AFM). The atomically resolved molecular structures enable a precise determination of the characteristics of hydrogen bonding networks, including the bonding sites, orientations, and lengths. The observation of bond contrast was interpreted by ab initio density functional calculations, which indicated the electron density contribution from the hybridized electronic state of the hydrogen bond. Intermolecular coordination between the dehydrogenated 8-hq and Cu adatoms was also revealed by the submolecular resolution AFM characterization. The direct identification of local bonding configurations by NC-AFM would facilitate detailed investigations of intermolecular interactions in complex molecules with multiple active sites.

绿色木霉纤维素酶分子内氢键特征的研究

【摘要】:运用能够揭示蛋白质分子基团振动特征的激光拉曼光谱分析技术,对绿色木霉纤维素酶中的CBHⅡ在固态以及两种pH值的液态中酶分子内的氢键状态进行了分析。结果表明相对于纤维素酶固体干粉,液态中酶分子酰胺Ⅰ羰基氧原子作为氢键质子受体的能力为上升;酰胺Ⅱ与酰胺Ⅰ的β结构特征峰变化倾向相似。在3种样品中,酶蛋白中Trp均为强氢键供体,从成键能力方面证实了以往同类酶空间分析的结果。固体与pH 6 0水溶液酶蛋白中酪氨酸酚羟基成键能力也是强的。根据游离巯基分析可以判断绿色木霉CBHⅡ的成熟肽CBD与瑞氏木霉CBHⅡ的CBD有相似的二硫键构成。
在以下的论文目录里,有相当一批文章内容涉及氢键。
1. DNA碱基质子化学位移受所在序列的五联体性质影响,生物物理学报,2007,23(3):199-207,余多慰,袁生,金晓燕.
2.Damage Analyse of X-Ray Radiated Cellobiohydrolase Ⅱ Molecule from Trichoderma Viride , Spectroscopy and Spectral Analysis, 2007,27(4): Duo-wei; YUAN Sheng.
3.Analyse of cytokines mRNA in bone marrow-derived dendritic cells in asthmatic mouse models. journal of natural science nanjing normal university, 2007,9(1):41-46 .Yu Duowei(余多慰),Sun Yun(孙芸), Wu Jianqing(吴剑卿).
4.Cytokines mRNA in bone marrow-derived dendritic cells in asthmatic mouse. Front. Biol. China,2006, 3: 241−245. YU Duowei, SUN Yun1, WU Jianqing, YUAN Sheng.
5. 1D ~1H NMR Analysis of d(TTTCCTCGCCGGAAA); 生物信息学,2005,4:145-147.余多慰; 袁生; 李伟勤; 吴冬梅.
6.Hydrogen-Bond State Analysis of CellobiohydrolaseⅡ Molecule fromTrichoderma Viride. Spectroscopy and Spectral Analysis. 2005,25(4):Duo-wei; YUAN Sheng.
7.Improved stability and yield of Fv targeted superantigen by introducing both linker and disulfide bond into the Targeting moiety. Biochimie. 2005 Aug;87(8):661-667.Hao HJ, Jiang YQ, Zheng YL,Ma R,Yu DW.
8.绿色木霉纤维素酶分子侧链构象与侧链环境特征的研究,分析测试学报,2004,23(5):63-66。余多慰,袁生.
9.DNA纤维质子化及脱嘧啶的拉曼光谱研究,光谱学与光谱分析,2003,23(4):734-738。余多慰,朱景宁,柯惟中
10.蛋白质与多肽结构的拉曼光谱研究,分析实验室,2002,21:257-261。余多慰.
11.UV-A区段紫外线照射对DNA影响的拉曼光谱分析激光生物学报,2001,10(4):306-311.余多慰, 柯惟中,张晓飞,潘飞燕,吴宇澄..
12.DNA纤维经醋酸处理后脱嘌呤的拉曼谱带分析 分析测试学报. 2001,20(5):1-4 余多慰, 柯惟中,赵含英,朱景宁
13.结合蛋白与DNA相互作用的机制研究 中国临床与实验医学荟萃,主编:陈晓莉 陆华。世界医药出版社,Hongkong, 2001,245-249,余多慰,王倩,吴宇澄
14.染色体显微切割与DOP-PCR结合对赤麂Sry基因克隆、测序及初步定位.遗传学报,2001,28(4):322-326。张悦,单祥年,鲁晓萱,刘宁生,余多慰.
15.赤麂SRY基因的测序及其与部分偶蹄目动物SRY基因序列的比较.动物学报,2001,47(2):145-149。郭金虎, 单祥年,常青,余多慰,武景阳.
16.水溶液中DNA紫外辐射损伤分子机制的研究.光谱学与光谱分析,2000,20(3):311-314.余多慰,柯惟中.
17.Spatial structural properties studies of C-Phycocyanin from Spirulina platensis. Raman spectroscopy (Ed.Shu-lin Zhang and Bang-fen Zhu),John Wiley&Sons, Ltd. Chichester(England),2000, 936-937. 余多慰,柯惟中,李建宏.
18.The vibration model of the deoxyribose in superhelical plasmid DNA. Raman spectroscopy (Ed. Shu-lin Zhang and Bang-fen Zhu), John Wiley&Sons,Ltd. Chichester(England), 2000, 1008-1009. 余多慰,柯惟中,张双全.
19.Raman spectral study of the influence on lysozyme conformation of extraction by nitrobengene.Optical Engineering,1994,33(8):2607—2611. 柯惟中,余多慰.
20.Raman spectroscopic study of the influence on herring sperm DNA of heat treatment and utrariolet radiation.Spectrochimica Acta Part A, 1999, 55: 1081—1090. 柯惟中,余多慰,吴建中.
21.应用显微操作和PCR技术进行基因的染色体定位。动物学研究,2000,35(4):25-28. 郭金虎, 余多慰,赵清良,张晓琼,李华,单祥年.
22.鲱精DNA纤维水合状态的振动谱特征.光谱学与光谱分析,1998,18(3):303—306. 余多慰,柯惟中.
23.DNA纤维热变性过程的差示扫描量热分析.分析测试学报,1998,17(2):5—8. 余多慰,陈婉蓉.
24.质粒DNA超螺旋构象的激光喇曼光谱研究.微生物学报,1997,37(2):124—129. 余多慰,柯惟中.
25.DNA中糖苷键碱基侧二共价键的喇曼特性分析.分析测试学报,1996,15(4):14—18. 余多慰,柯惟中.
26.食用菌巨原生质体的初步研究.食用菌学报,1996,3(2):36—40. 何强泰,陆佩洪,余多慰.
27.DNA构象研究中脱氧核糖拉曼信号的作用.化学物理学报,1995,8(6):509—514 . 余多慰, 柯惟中,陈宜峰.
28.兔孤雌激活卵的发育与核型分析.动物学报,1994,9:238—244. 王斌,李朝军,范必勤,余多慰.
29.苯硫脲等苦味物质味觉的遗传相关分析.中国人类遗传学进展,1993。10:75-76. 余多慰,朱红阳.
30.褐家鼠和黄胸鼠染色体C带性质的光密度分析.遗传,1992,14(6):7-9. 余多慰,陈俊才,朱红阳,陈宜峰.
31.食用菌原生质体电融合初步观察.中国食用菌,1991,5:10-11. 余多慰,何祥泰.
32.汉族人群三种物质尝味能力分析.遗传,1991, 13 (5): 30 – 32. 余多慰,朱红阳.
侧耳属四品种的核DNA研究.食用菌,1990,5:10-11. 余多慰,周茜,陆长梅.
33.二对非连锁基因遗传实验的微机模拟分析.遗传,1988,10 (3):43-45. 余多慰,蔡自力.
34.白鳍豚和江豚体内几种金属元素和有机氯研究.兽类学报,1988,2:122-127. 杨利寿,余多慰,陆佩洪.
35.江豚MDH与ADH同工酶电泳研究.兽类学报,1988,2:117-121. 陆佩洪,余多慰,马玉银.

 

   

    为什么冰能浮水上?这其中便是氢键(Hydrogen bond)在起作用。在自然界,氢键这种分子间的相互作用是随处可见的,连DNA双链中的碱基配对,也是在氢键作用下实现的。然而,氢键本质一直备受争论:这种作用力长期以来都被认为是静电相互作用,但近年来的研究结果又提示,氢键可能具有与共价键类似特性。要了解氢键的真实面目,对氢键相关指标的精确测量成为关键。

    此前,对氢键特性的研究主要借助于X射线衍射、拉曼光谱、中子衍射等技术进行间接分析。而这一次,中国科学家们利用非接触式原子力显微镜(NC-AFM),实现了对氢键的直接观察。

    国家纳米科学中心的裘晓辉团队与中国人民大学季威副教授的团队合作,在超高真空和低温条件下观察到了吸附在铜晶体表面的8-羟基喹啉分子间氢键的高分辨率图像,直接对该氢键的键长及键角进行了测量。此外,研究者还观察到了去氢8-羟基喹啉分子与铜原子的配位键作用。这些成果对氢键理论的研究提供了极具价值的参考。研究者的氢键成像结果与我们高中时学到的化学知识相一致:氢原子一方面以共价键与电负性较强的X原子相连,另一方面又受到另一电负性较强的原子Y的吸引。现在,除了X射线晶体衍射等方法,我们又有了直接给氢键“拍照”的手段。

    然而,这项研究只证明了原子力显微镜具有用于帮助探索氢键本质的能力。为什么在氢键存在的位置能够形成足以被观测到的反差、氢键最本质的面目又是什么?要阐明这些问题,还得依赖实验技术的革新和科研人员的不懈努力。

    文章的三位通讯作者裘晓辉(左)、程志海(中)、季威(右)。

    就此成果,果壳网对国家纳米科学中心的副研究员程志海进行了采访:

    果壳网:单分子尺度的研究结果对一般人而言略显遥不可及,是什么推动你和同事进行表面物理化学领域的研究?这次直接观测分子间氢键的成果,又具有哪些影响深远的意义?

    程志海:我们的研究工作一直集中在纳米表征与测量方面,而单分子尺度的表面物理化学是我们研究工作的重要组成部分。我们也注意到了,国内国外的相关科学媒体、论坛等,都对我们的结果进行了报道和讨论。从我们自己的角度来看,主要是将分子内的研究拓展到了更加复杂的分子间相互作用,另一方面,不同于人们认识清楚的共价键,氢键的本质还是一个亟待研究的问题。对氢键本质的理解,将有助于人们实现分子间相互作用的人为控制,在此基础上能够设计开发出特殊的分子氢键聚体,如人为设计的冰结构,DNA,蛋白质等等。

    果壳网:果壳网的许多读者都学习过氢键的概念与作用。既然已经“看到”氢键,网友们非常关心,学界是否能利用这项成果阐明备受争议的氢键本质?

    程志海:我们非常希望,这项成果能够帮助学界在氢键的本质问题上能够更深一步!事实上,2011年IUPAC的氢键定义的推荐人之一,印度科学家E. Arunan已经与我们取得联系,希望能够在这方面作些工作。当然,作为一项新的研究手段,虽然我们实现了氢键的实空间成像,但氢键的确切成像机制,亦即我们为什么能看到氢键,我们看到了氢键的什么特性,并不是特别清楚。我个人觉得,理解氢键成像机制有助于认识氢键的本质。

    果壳网:这次研究团队之所以成功观察到氢键图像,主要依赖于哪些技术突破?鉴于AFM的发展现状,这项技术是否还有继续改良的空间?

    程志海:回顾我们两年多来的工作,我们成功实现氢键的观察主要依赖于两个方面的工作,第一,我们提高了现有仪器的性能,包括将机械噪音降低了三到五倍,进一步降低了电子学噪音等。第二,我们利用自己的一项专利技术制作了性能优良的原子力传感器,其稳定振动振幅达到一个埃,小于了一个普通化学键的键长。

    至于我们工作中所采用的qPlus-AFM技术,还有非常大的发展空间, 其能力和功能都远远没有得到开发和应用。目前,国内大部分的AFM,特别是普通大气环境下的AFM都只是用来表征一下样品的形貌等。而据我们了解,在国际上已经有很多研究组在大力发展AFM技术,扩展其能力,功能和应用范围等。尽管这项技术还很难作为日常研究手段,限制是多方面的,人员,仪器等都是限制。但随着研究和技术的发展,我想也许几年或十几年后就可能成为日常研究手段。

    果壳网:在获此突破之后,纳米表征实验室接下来将专注于哪些方面进行进一步研究?

    程志海:在此基础上,我们主要有几个方面的考虑,第一在氢键成像基础上,我们希望通过原子/分子操纵技术直接测量出单个氢键的强度,第二希望将这项技术拓展到其它体系,如DNA,水或冰以及其它新型材料体系,成为媲美高分辨球差透射电镜的结构分析与成像技术,第三我们希望能够将这项技术扩展到其它更加复杂的环境体系,例如固体/液体界面,液体/气体界面等,能够解决一些实际问题。当然,这仅仅是我们目前的一些想法,也会在接下来的工作中进行调整。

真实的氢键照片

    图A:8-羟基喹啉的化学结构。图B:8-羟基喹啉分子在原子力显微镜下得显微图片。

    图C:聚集的8-羟基喹啉图像。图D:与图C相对应的分子结构模型。虚线代表氢键。

    国家纳米科学中心的研究团队长期坚持自主研制、升级和改造科研装备,通过数年来对商品仪器部件的不断优化,以及自制原子力显微镜的核心部件-高性能qPlus型力传感器,极大地提高了现有设备的稳定性和信噪比,使得该仪器的关键技术指标达到国际上该领域的最好水平。在超高真空和低温条件下,该研究团队通过精确探测原子力探针与分子化学键的电子云之间的Pauli排斥力作用,获得了吸附在铜晶体表面的8-羟基喹啉分子的共价键化学骨架、分子间氢键、以及分子与金属原子配位键的高分辨空间图像,据此精确解析了分子间氢键的构型,实现了对氢键键角和键长的直接测量。 

  这是科学家第一次获得氢键在实空间的图像,该实验结果对于氢键理论有着非常有意的启示。相对于现有的谱学方法(红外、核磁共振、X射线晶体衍射等),该项研究开辟了一条对氢键研究的崭新实验途径,将对分子间相互作用研究起到巨大的推动作用。 

  国家纳米科学中心研究生仉君、陈鹏程、袁秉凯参与了本项研究工作。该研究工作得到中国科学院、国家科技部重大研究计划、国家自然科学基金的资助。

   9月26日,中国人民大学物理学系季威副教授与国家纳米科学中心裘晓辉研究员和程志海副研究员等在《科学》杂志以“Science Express”的形式在线发表论文“原子力显微镜实空间观测分子间相互作用”,该文将在几周后的正刊上正式发表。该研究采用非接触原子力显微镜技术和第一性原理密度泛函理论计算在国际上首次实现了分子间局域相互作用的直接成像。研究成果为研究分子间相互作用开创了新思路,并为理解“氢键的本质”这一悬而未决的重大问题提供了重要证据。该成果的实验工作在国家纳米科学中心完成,理论计算工作在中国人民大学完成。季威副教授(理论)与裘晓辉研究员(实验)、程志海副研究员(实验)为该论文的共同通讯作者。这是中国人民大学教师首次在《科学》杂志的“原创研究成果”栏目发表论文,也是中国人民大学教师作为通讯作者首次在《科学》杂志上发文。

真实的氢键照片
    分子间三聚体的原子力显微镜像和理论计算结果
   A为恒高模式的原子力显微镜探针频率偏移结果,B是理论计算预测的分子三聚体结构模型,C是该具体的电子局域函数分布结果。从图中可以明确观察到三聚体内的三个N-Cu配位键和三个C-H…O氢键。 
    非接触原子力显微镜是最先进的原子力显微镜表征技术。该技术可以通过显微镜探针顶部原子电子波函数与样品电子波函数之间的Pauli排斥相互作用,得到高分辨的分子内部结构信息。例如,2009年IBM Zurich研究中心的科学家采用该技术首次观察到了分子内部的共价键。

    共价键波函数与探针顶端原子波函数有较为显著的Pauli排斥相互作用,因此之前的结果从原理上是相对容易理解的。然而,在季威副教授及合作者等的最新研究成果中,氢键、配位键、共价键在同一个分子聚集体中均被观察到。基于氢键的传统定义,在它附近不应存在电子波函数,因此,实验中直接对氢键成像似乎显得有些“不可思议”,这有悖于此前人们对原子力显微镜成像原理和氢键本质的认识。

   在经过大量的理论模拟后,最终确定了实验中分子(聚集体)的原子结构模型,确认了实验成像源于氢键和配位键的结论,并提出了实验观察到氢键和配位键的成像机制。
 

    刚才在CEN网站看到老同学裘晓辉的新闻,说的是他们应用高分辨AFM技术观测到了分子间的氢键。【1-2】

    这么好的事情,非常值得庆祝。

    不过,那篇新闻报道的作者大概是缺乏相关的知识,竟然认为以前人们没有“看”到过氢键:Hydrogen bonds are ubiquitous—and universally important—in chemistry. They give water its unique properties, speed or slow reactions, and hold together the three-dimensional shapes of DNA, proteins, and other supramolecular structures. But chemists have never actually seen them.”

其实,在高分辨的 X-ray 衍射密度图里面,氢键就可能很容易被观察到。

    氢键是普遍存在于分子体系一种的相互作用力。可以简写为X-H...Y, X为电负性高的原子(如O/F/N),Y为电子密度高的原子(O/F/N)或者原子团(如苯环上的PI的离域电子)

    当然,不同的实验方法,都是直接或者间接检测形成氢键原子(H&Y)之间的的电子密度。

    除去X-ray,今年7月还有人结合X-ray和中子衍射办法对氢原子的1位置实现了精确定位。【3-4】

    下面图中的紫色部分来自中子衍射实验,其它的网格部分是来自 X-ray电子密度图。

    蛋白酶抑制剂Amprenavir(安普那韦)

真实的氢键照片

参考

【1】http://cen.acs.org/articles/91/i39/Hydrogen-Bonds-Visualized.html

【2】 http://www.sciencemag.org/content/early/2013/09/25/science.1242603

【3】http://www.ill.eu/?id=14844

【4】http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/jm400684f

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