祖师堂，于日本庆长十年(1605年)由主持义演准后修建，供奉着空海法师和其徒孙——开创醍醐寺的圣宝法师。

这里要说一句空海法师，其是对日本佛教产生重大影响的“入唐八家”之一，曾于日本延历二十三年，也就是中国唐德宗二十年（804年），与最澄随遣唐使入唐学法。抵唐之后拜在青龙寺惠果法师门下，两年后（806年）回日本，回国时携回大量的佛教经典，创立了密宗，对此后的日本佛教产生重大影响。与开启天台宗的最澄是将中国佛教日本化的主要人物。

建在高台上的是大讲堂，这附近的林泉以及弁天堂、地藏堂、钟楼、传法学院等统称为大传法院。是在1930年为了纪念醍醐天皇一千周年忌辰建造的。堂内供奉着建造于日本平安朝晚期醍醐寺最大的木制八尺高的阿弥陀如来坐像。另外还供奉着大日如来坐像、深沙大将、大黑天及地藏菩萨。