细菌实验室及特设监狱遗址位于本部旧址以北，总占地面积约23800平方米。该建筑原为砖混结构的三层方框形建筑，由细菌实验室和两栋“特设监狱”所组成。由于南北走向的中心走廊的间隔，该建筑被分成东西两院，两院各设一座二层砖混结构的“特设监狱”，被捕的人员经“特别移送”监押至此，成为细菌“实验材料”。细菌实验室是七三一部队的细菌研究、实验、生产中心，“特设监狱”用于关押“特别移送”的被实验者。1945年8月，七三一部队在败退前将其全部炸毁。解放初期，尚存明显的建筑残迹，现仅存建筑残迹埋藏于地面之下。2000年8月至2001年6月，经过考古发掘整理，已正式对外展示。

    冻伤实验室旧址位于本部旧址和细菌实验室及特设监狱遗址的北部，占地面积约327.6平方米。该建筑主体由东西两大部分组成：东侧为冷冻室，是冻伤实验室旧址的主要部分；西侧是和冷冻室配套使用的实验室。冷冻室为平面呈长方形的双层建筑，砖混结构，平顶，长20米，宽7.8米，高7.2米，在房屋高墙上端和顶部设有若干通气孔，内壁有固定隔热层的铁钩，在室内东北角有固定冷冻设备的水泥基座。实验室为平面呈曲尺形的建筑，分隔为三室，长20米，宽7.7米，高3.8米。冻伤实验室旧址是用来对人体进行冷冻实验和生产干燥式细菌的场所。七三一部队败退前将该建筑炸毁，建筑物损毁严重，实验室房顶已经塌毁，冷冻室二层地板也已经塌毁不见，现处于闲置并保护中。

      小动物地下饲养室旧址位于本部旧址的北部，黄鼠饲养室旧址的东南，占地面积约96.1平方米。该建筑是一处钢混结构的地下建筑，分为穴道部分和地穴部分。穴道部分为长方形，东西向，穴道洞口面向西，穴道长5.4米，宽1.8米，底部深3米，有12级台阶。地穴部分呈方形，内部分为三间，主室为长方形，东西长6.4米，南北宽3.5米。在主室的南侧有长10米、宽3.2米的两条长方形耳室，耳室为圆拱顶，底部距顶部高2.8米。在两个耳室的两侧墙壁上各有上中下三排水泥槽用来摆放鼠笼。小动物地下饲养室旧址是用来专门饲养小白鼠等动物的场所。小动物地下饲养室旧址保存完好，现处于闲置并保护中。