Fish亲笔：.ab1或.seq序列文件批量转换合并为fasta_Fish-Keji

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Fish亲笔：.ab1或.seq序列文件批量转换合并为fasta

(2014-02-10 21:45:29)

标签：

生物学工具

小贴士

分类：生物信息

以下为Fish一字字敲出，转载请注明出处，欢迎批评指正。

问题引出：我想将多个.ab1或.seq，批量转换成一个fasta文件,看了论坛上的建议，用BioEdit做了尝试，能实现，但生成fasta中序列表头和原来.ab1文件名不同。比如：sample.ab1 转成fasta得到的表头却是“>E05（下一行是序列）”，可能跟测序公司有关；而我想得到的是这样：“>sample(下一行是序列)”。如何做到一致呢？

软件：DNASTAR.Lasergene （V7.1版本，支持win8）

这款软件不仅可以满足上述要求，而且对.ab1和.seq格式均支持。

步骤（以.seq为例）：

1.选用EditSeq功能

http://s6/small/002dyXi1ty6GuauKOGhb5&690

2.把需要转换合并的文件全选，拖进软件，继续点Just Open

http://s2/mw690/002dyXi1ty6GuaMZjcBb1&690

3.运用Export all as one功能

http://s15/mw690/002dyXi1ty6GuaVoFKS0e&690

4.以fasta格式保存，完成。

http://s7/mw690/002dyXi1ty6GuaYMmz456&690

另外，Linux下可用cat语句合并多个fasta文件，举例：cat file1 file2 file3 >file_all

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