加载中…prodigal使用教程
(2016-03-25 16:35:34) | 分类： bioinf |
软件介绍：
prodigal的全称是Prokaryotic Dynamic Programming Genefinding
Algorithm，原核的动态编程基因查找算法，prodigal主要应用于细菌和古生菌的基因预测，不能用于真核生物，如果要对meta样品做基因预测，prodigal还专门提供了meta的版本。
除此之外，prodigal还支持在线提交序列的方式来预测基因预测。也非常的易于使用。而且相对与glimmer基因预测工具，prodigal更加好用，只需一步即可，而且，软件可以直接输出基因的核酸序列并翻译出的相应的氨基酸序列，这对很多初学者来说是非常方便的。
下载安装：
首先从prodigal网站下载安装包，无需注册直接下载即可，最新的版本为2.6.1。
上面提供了windows、mac
OS和linux版本，而且有源码和编译好的可供选择，非常方便。这里面我们直接下载源码进行编译。
使用tar -zxvf 命令进行解压所，加压缩之后，进入解压缩的目录，
我们看到里面有README文件，readme文件中有软件的介绍，和一些使用的案例，还有就是如何编译，只要敲make install
就可以进行编译。
敲make install命令进行编译。编译需要等待一段时间，
prodigal没有太多的依赖关系，安装并不困难。
编译过程中有可能给出一些警告信息，这个没关系，警告信息是提示你需要注意的地方，并不是错误信息。
编译好了之后我们就会看到prodigal的可执行文件了，
直接敲prodigal命令就会弹出软件帮助信息。
使用案例：
我们看下都有哪些选项。
-a 是输出氨基酸文件
-c
不允许基因一边断开，也就是要求完整的orf，有起始和终止结构
-d 输出预测基因的序列文件
-f 选择输出文件格式，有gbk,gff,和sco格式可供选择
-g 指定密码子，原核为第11套
-i 输入文件，即需要预测的基因组序列文件
-m 屏蔽基因组中的N碱基
-o 输出文件，默认为屏幕输出
-p 选择方式，是单菌还是meta样品
-q 不输错错误信息到屏幕
-t 指定训练集
-s 输出所有潜在基因以及分值到一个文件中
下面我们拿K12基因组来做一下演示。
敲prodigal
-a K12.pep -d K12.cds -f gff -g 11
程序很快运行完，会输出四个文件，我们来看一下，.cds为我们的基因序列文件，.pep是对应的氨基酸序列文件。.gff为基因的gff文件，.list为输出所有可能结果文件，我们得到最终得到cds是根据一定的阈值对其过滤的结果。那么通过prodigal对其预测基因的工作也就完成了。
注意事项：
1、对于原核生物基因预测，我们还需要注意一个问题，就是当样品为支原体时，在密码子选择上要修改一下，因为在支原体中遗传密码中的密码子UGA能够编译成色胺酸，而不是一般的乳白色终止码。
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