由于新企业所得税法采用了大量的项目式优惠。企业免税项目有所得可以免税。但如果免税项目有亏损，能否用应税项目所得去弥补呢？根据《国家税务总局关于做好2009年度企业所得税汇算清缴工作的通知》（国税函〔2010〕148号）的规定：对企业取得的免税收入、减计收入以及减征、免征所得额项目，不得弥补当期及以前年度应税项目亏损；当期形成亏损的减征、免征所得额项目，也不得用当期和以后纳税年度应税项目所得抵补……但是，如何计算出免税项目的亏损，申报表如何实现，这个在原先的申报表中都是不明确的，实际执行中存在争议。现在，在新的企业所得税申报表的《所得减免优惠明细表》（A107020）中明确纳税人必须将免税项目的收入、成本、相关税费、应分摊的期间费用和纳税调整额单独列出来，单独计算第6列项目所得额。但是，哪些是免税项目需要分摊的期间费用，是所有的都要分摊，还是部分分摊。另外，如果分摊了广告费、业务宣传费和业务招待费，是否这部分免税项目分摊的费用，需要按照项目的收入计算扣除限额吗，否则为什么加上一列“纳税调整额”，但这样是否过于复杂。更为关键的是，该表第7列“减免所得额”在填表说明中写了：本行<0，填写负数。而该列数据根据表内、表间关系要填到主表（A100000）第20行中，减去负数的“所得减免”实际就是纳税调增了。因此，这实际明确了如果企业免税项目亏损是不能用应税项目所得去弥补的，需要纳税调增。但是，根据填表说明来看：第7列“减免所得额”：填报享受所得减免企业所得税优惠的企业，该项目按照税法规定实际可以享受免征、减征的所得额。本行＜0的，填写负数。且第40行第7列＝表A100000第20行。换句话说，企业如果有多个免税项目，这个填表规则实际明确的这样一个政策，就是企业如果有多个免税项目，应该首先将不同免税项目的盈利和亏损进行相互弥补，如果不同免税项目最终有所得，享受免税。如果不同免税项目盈亏互抵后最终是亏损，该亏损就不能用当年应税项目所得来弥补。

　　但这里带来另外一个问题，就是西部大开发优惠政策，由于总机构设在西部大开发税收优惠地区的企业，仅就设在优惠地区的总机构和分支机构（不含优惠地区外设立的二级分支机构在优惠地区内设立的三级以下分支机构）的所得确定适用15%优惠税率。总机构设在西部大开发税收优惠地区外的企业，其在优惠地区内设立的分支机构（不含仅在优惠地区内设立的三级以下分支机构），仅就该分支机构所得确定适用15%优惠税率。此时，如果区内享受优惠的机构又亏损，能否用区外25%的所得弥补呢，还是要单独计算呢？从新申报表设计来看，西部大开发税收优惠在《减免所得税优惠明细表》（A107040）中，不在《所得减免优惠明细表》（A107020）中。从填表说明来看，如果区内亏损，这里我就填0不享受优惠，不需要填写负数，即区内亏损可用区外所得弥补。