纵观自晋朝到明朝有文字可考的有关隆中祭祀胜迹的记述，明朝吴绶和王越的诗《隆中十景》即《三顾堂》、《六角井》、《古柏亭》、《躬耕田》、《梁父咏》、《抱膝石》、《老龙洞》、《小虹桥》、《半月溪》、《野云庵》，对隆中的胜迹已有相当精彩的描述。从这些诗中可以真切地感受到明朝祭祀诸葛亮的胜迹已具相当规模。现今隆中风景区纪念性建筑和碑碣大多为明朝以后所建。

　　所不幸的是在明弘治二年(公元1489年)，被明宣宗封为第一代襄宪王朱瞻墡的孙子朱见淑世袭王位成了襄简王，他找来风水先生，在襄阳境内为他测算“百年之后”的风水宝地。风水师们一致认为隆中是一块不可多得的茔地。朱见淑便上书朝廷，奏请在隆中修建自己的陵墓，朝廷准奏“武侯草庐故址，封为藩陵”后，隆中胜迹便开始遭到一系列毁灭性破坏。朱见淑封山驱民，赶走僧尼；把隆中山改为座山，与隆中山隔谷相对的山改为面山；毁掉祭祀诸葛亮的碑文、祠庙、草庐，迁走隆中书院等。从两晋至唐宋时期诸如唐代《蜀丞相武乡侯诸葛公碑》、《唐改封诸葛亮为武灵王庙记》等一批名碑石刻和文物珍品都毁坏殆尽、荡然无存。这是隆中自诸葛亮离开l200多年后，所遭受的最大浩劫，给隆中胜迹造成了无法弥补的损失和缺憾。

　　明正德二年(公元1507年)，朱见淑的庶二子朱佑櫍封为光化王世袭襄王，管理襄阳府事。这时的古隆中只有老百姓自己筹资在隆中东山梁上修建的诸葛庙了，且庙低矮狭小，非常简陋，难以满足老百姓祭祀诸葛亮和表达敬仰之情的需要。朱佑櫍为挽回其父朱见淑毁坏隆中胜迹建造茔地所造成的不良影响；同时也为了维护藩陵的形象，因为老百姓自建的诸葛祠庙与其父藩陵的地理高度基本一致，距离相近，藩陵与祠庙形成对峙的格局。朱佑櫍与时任襄阳府左长史的林光，于正德二年十一月上奏朝廷重建诸葛祠堂。他们向朝廷提出“隆中东去数十步，山有一洼，宜将诸葛亮庙移建于此。”即位于现在的武侯祠下五十米，隆中书院西侧处。

　　修建诸葛亮祠庙的奏折被朝廷批准后，朱佑櫍就拆掉老百姓自建的诸葛庙，备足木材、石料，筹足资金、人工等，在今武侯祠下五十米，隆中书院西侧处盖建祠庙。建成后，朱佑櫍又奏请朝廷予以庙额祭祀。皇帝准奏，并令翰林院撰写匾额，赐庙额为“忠武”，书写礼文，定下祭祀的礼仪：“猪一口、羊一腔、鱼醢、肉醢、菹菜共五品，米面食共五品，果子五品，香一柱，烛一对，帛一段，酒二瓶，行三献礼如仪。”每年春、秋两季进行祭祀。朱佑櫍此次改扩建诸葛亮祠庙是朱见淑毁坏隆中武侯祠后的一次大规模的官方修缮行为，奠定了以后数百年间隆中武侯祠的规模。

　　明崇祯十五年(公元1642年)十二月至崇祯十六年(公元1643年)十一月这一期间，李自成于隆中怒毁襄藩陵，具体毁掘襄藩陵的时间没有确切的文字记载，只能从李自成起义在襄阳称王后所经历的历史事件作一个大概的推算，但掘坟史实有赵宏恩的《重修武侯祠碑记》为证：“自闯逆发掘，至今荒废，无能反正者。”崇祯十五年十二月初三，李自成率先头部队精骑数万至樊城。初四，攻占襄阳。然后率军攻荆州、武昌等地。崇祯十六年二月初五又回到襄阳，即着手进行政权建设，自立为新顺王，改襄阳为襄京。崇祯十六年十一月，李自成率军占领了西安。清顺治二年(公元l645年)李自成被迫放弃潼关、西安，由蓝田出武关，入襄阳，转至武昌。这时阿济格和吴三桂大军紧追，是年，李自成全军覆灭。从时间来看，李自成可能于崇祯十五年十二月至崇祯十六年十一月之间的某一个时段，来到隆中捣毁襄藩陵。因为此后，李自成就离开了襄阳，顺治二年，李自成虽再次来到襄阳，但当时他正处于危急之中，来隆中的可能性很小。李自成掘毁襄藩陵的行为不仅为隆中的原貌恢复创造了条件，而且也为隆中增添了新的史迹。

　　劫后重振在清朝

　　清康熙五十八年(公元1719年)，赵宏恩时任郧襄观察使，治所设在襄阳。起初赵宏恩对隆中的想象是“前贤接踵，地号殷饶”，可当他去隆中踏寻先贤的遗迹时，竟是“乱草牵衣，断碑卧水”；寻到武侯故居遗址，竟也是被挖掘过的襄王陵墓。整个隆中纪念性建筑物因年久失修，已经风雨飘摇，有的甚至已经坍塌，许多石碑残破，一幅破败荒凉的画面。赵宏恩不禁感慨万千：“何古今之不相及若此！”为昭告先贤之灵，赵宏恩便萌生了重修隆中胜迹的想法。“于是相阴阳，辨形势，鸠工趋事，萃集良材”，于当年十月开工，次年四月完工，在武侯故居的遗址旁修建了一座祠宇，也就是现在隆中景区内“三顾堂”的前身。建成后的祠宇有正堂三间，是一个前厅后堂、腋带两亭的院落，东亭署曰“卧龙”，西亭署曰“野云”。堂内立有一碑，正面刻着武侯像，像的上方刻有“梁父吟”；碑阴刻的是赵宏恩所作“重修武侯祠记”。祠宇后方也就是故宅的遗址处建造一亭，名“草庐”，用以告诉后人故宅遗址的所在。“躬耕田”及“抱膝石”各建有一亭，基本沿用以前的命名。这次的工程完成了“一堂五亭”，即“三顾堂、卧龙亭、野云亭、草庐亭、躬耕亭、抱膝亭”的修复和重建工作，大致恢复了朱见淑毁坏之前的隆中风貌。

　　清光绪十二年(公元1886年)夏，湖广总督、部堂裕禄阅兵至襄阳，公务稍暇前往隆中。在隆中，裕禄一行登高观览清幽寂静的山势，依次观看了三顾堂、六角井等十景，游览兴尽，面对着隆中百年失修的局面，心有所动。陪同前来的部属看出了裕禄有重修隆中古建筑物之意，便命隆中的住持道人邓永厚绘出了重修图纸呈给军门程文炳，由程文炳将重修方案禀报给裕禄，请示修造。裕禄看后很赞同他们的方案，当得知维修经费不足时，便率先捐出了俸禄，还倡议凡在本地任职的官员都应为修葺隆中出点资尽点力，由此一共筹集了资金二千三百余两。

　　光绪十三年(公元1887年)，程文炳按照裕禄授意，依计划重建武侯祠、三顾堂、草庐等处。重修工程于光绪十三年正月十日正式开工，经过数月赶工，工程进展顺利，于同年八月修葺完毕。据《裕禄等维修隆中诸葛故居碑》记：“……至丁亥而堂构巍焕，院宇辉煌……今功成告竣，山陵亦觉其增辉，草木犹为之生色。”完工后裕禄亲自撰写碑文即《重修襄阳隆中山诸葛忠武侯草庐碑记》以记之。这次的工程还在隆中风景区入口处修建了“古隆中”石牌坊这一标志性建筑，一直保存至今。

　　赵宏恩和裕禄、程文炳对隆中的修缮是清朝两次较大的修缮工程，这两次大的修缮工程基本上保存了历史上形成的隆中十景风貌。自康熙至光绪年间，清朝对隆中的维修达七八次之多，成为现今隆中胜景的基本雏形。