《暂行规定》指出，医院年度预算由收入预算和支出预算组成，医院所有收支应当全部纳入单位预算统一管理。医院要实行全面预算管理，建立健全预算编制、审批、执行、调整、分析和考核等管理制度。医院预算须经医院领导班子集体研究审议通过，报主管部门审核后报同级财政部门。预算申报、审批、调整等重大事项须经医院领导班子集体决策。

医院在制定年度预算时，要参考上年度及历年实际收入水平，结合预算年度医院事业发展和工作计划，考虑医疗资源增减、医疗收费标准调整等因素，科学预测医院收入。医院要加强资产配置预算管理，将大型设备、房屋土地等重大资产购置事项统一纳入预算申报管理。各级卫生计生行政部门应当加强对医院年度预算审核，根据医院的事业发展规划和目标，审核其预算的合理性，对医院大型设备购置、基本建设和重点项目支出情况等进行重点审核，严格控制不合理支出。严禁公立医院举债建设和举债购置大型医用设备。

《暂行规定》要求医院加强预算绩效管理，建立有目标、有监控、有评价、有反馈、有应用的全过程预算绩效管理机制。医院不得编制虚假的或者隐瞒重要事实的财务分析报告。医院主要负责人对本医院财务分析报告的真实性、完整性负责。

在决算管理方面，《暂行规定》明确了医院年度决算报告内容，并要求医院以年度财务报告、预算报表、决算报表等会计资料和经济活动为基础，采用一定技术和方法对医院年度财务状况进行分析。