基因的表达分为转录和翻译两个层面，即mRNA水平和蛋白水平。而真核基因表达的转录和翻译发生的时间和位点存在时空间隔；其次在转录后，又会有转录后加工，转录产物的降解，翻译，翻译后加工及修饰好几个层面。所以从转录水平和翻译水平并不完全一致；再次因为检测的时间点不同，可能在蛋白达到峰值的时候mRNA已经降解了或者在mRNA达到峰值的时候蛋白量还在增加中。

The absence of mRNA–protein correlation for a subset of investigated genes suggests that the relation between mRNA and protein is not strictly linear, but has a more intrinsic and complex dependence, deviating from the classical view referred to as the molecular dogma. Different regulation mechanisms (such as synthesis and degradation rates), acting on both the synthesized mRNA and the synthesized protein, affect the amount of the two molecules differentially.

 

mRNA水平的变化与蛋白质水平的变化并无直接必然的联系；很多实验表明在mRNA水平上达到80－90％的沉默效果，但蛋白质量的变化却非常少，但是你不用担心的一点是，就算蛋白质的量变化一点点，对于研究下游功能也已经足够，有的研究蛋白质量只变化10％，研究蛋白功能都已经足够，要在蛋白质水平达到50－60％的沉默效果是不大可能的！