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人类基因突变及疾病相关数据

(2015-05-24 09:55:18)
分类: biology
突变数据库

  Human Gene Mutation Database (HGMD)     http://www.uwcm.ac.uk/uwcm/mg/hgmd0.html
  。包括在编码区、调控区和剪接区域的点突变,还包括插入、缺失、复制及重复,最近加入了疾病相关的多态。突变信息主要包括染色体定位、突变类型列表和相关的表型列表,并将基因内所有突变定位到HGMD 的参考序列上;此外还链接到OMIM、GDB、GenAtlas和相关单一位点突变数据库。至2003 年1 月14日,HGMD 收录了1301 个基因中的32249 个突变。

The Genome Database (GDB)   http://www.gdb.org
在GDB 中的突变大部分是无害的突变。GDB 的数据是从发表的文章、直接提交以及从其他资源提取。要在GDB 中找到突变,最简单的就是先找到相关基因,在基因的信息中会找到突变信息的链接,包括有突变类型、核苷酸位置,以及核苷酸和氨基酸的变化。不管在GDB 中是否包含有某个基因的突变信息,在基因信息中总会链接到相关的单个位点突变数据库,并链接到OMIM 和HGMD 的相关记录。GDB 在国内的镜像
站点为http :/ / gdb. mirror. edu. cn ,为北大生物信息中心维护。

SNP数据库
  Database of Single Nuleotide Polymorphisms (dbSNP)    http://www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP/
其数据的主要来源是:由人类基因组计划预测得到的SNP ,占大约65 %;由私人或研究机构研究者提交的实验结果,占28 %。它收录了与疾病相关的突变和中性突变,主要是单核苷酸替换、短的缺失和插入多态,现
在已经扩展收录微卫星重复和插入缺失多态。每一条记录都包括有突变点附近的DNA 序列信息、检测该突变点的实验条件、出现该突变的群体的特征描述,以及群体或个人基因分型得到的频率信息。提供到GenBank 和dbSTS 的链接,还有相关的参考文献。至2003 年1 月9 日,数据库build 110 已收集了4 894 587个人类的SNP 数据。

  Human Genome Variation Database (HGVbase) http://hgvbase.cgb.ki.se/
HGVBase 的两大特点是易于理解和高准确率,以利于研究者用实验或计算机的方法来分析基因组突变的结果。数据来源于文献、其他数据库和本实验室的工作结果及直接提交,HGVBase 主要收录了基因内的DNA 多态和短小的插入、缺失突变。对基因名称和SNP 分别确定了9 位数的ID 号码, 每一条记录包括有SNP 上下游各25 个核苷酸序列,在人群中的等位频率、编码区、启动子和剪接位点; 还有对于Gen2Bank和其他数据库的链接。至2002 年12 月17日,数据库Release 14. 0 收录了1 702 845 条数据记录。

  The Snp Consortium, LTD.(TSC)   http://snp.cshl.org/
Snp 研究联盟( TSC) 由美国冷泉港实验室(ColdSpring Harbour Laboratory) 等4 个研究中心共同构
建,他们的目标是在全基因组范围内寻找30 万个SNP ,并将与SNP 相关的信息公之于众。由之发现的SNP 数据也向dbSNP 提交。
美国麻省理工学院建立的SNP 数据库  http :/ / www2genome. wi. mit . edu/ SNP/ human/ ;
日本( The Union of J apanese Science and Technology Corporation ,J ST) 建立了J ST ( http :/ / snp . ims. u2tolkyo. ac. jp) 数据库
中国(华西医科大学和北京大学生命科学学院合作) 构建了Go ! Poly (http :/ / 61.139. 84. 5/ gopoly) 数据库等。

与疾病相关的突变数据库
  Online Mendelian Inheritance in Man (OMIM)    http://www.ncbi.nlm.nih.gov/omim/
。OMIM并不列出在基因中的所有突变,而是集中于描述发现的第一个突变、最常见的突变和具有不寻常特征的突变。其中的临床信息对于医师和研究者很有用。OMIM 的记录中主要是关于基因和基因突变的文字描述,给出了历史记录、临床信息和分子信息,还有参考文献和对其他数据库的链接,许多甚至还包括了等位突变的信息。至2003 年2 月25 日,OMIM 包含了14 238 条数据记录。


  KMDB/MutationView http://mutview.dmb.med.keio.ac.jp/
突变相关数据库( KMDB) [9 ]是日本庆应大学医学院( Keio University School of Medicine) 建立的一
个人类疾病相关基因的突变数据库,它目前的版本由9 个方面的疾病的子数据库组成,分别是眼睛、心
脏、耳朵、脑、癌、综合症、自身免疫、肌肉和血液。KMDB/MutationView是一个使用图表表现人类疾病引起基因的突变数据的数据库,它当前的版本是由的9个不同疾病种类的附属数据库组成,分别是眼睛,心,耳朵,大脑,癌症,综合症,自身免疫性,肌肉和血液。KMDB/MutationView收录了涉及87种不同的疾病的97种基因的突变数据并且可通过http://mutview.dmb.med.keio.ac.jp访问。

  The Cancer Gene Anatomyproject’s Genetic annotation Initiative(CGAP)     http://lpg.nci.nih.gov/GAI/
CGAP 遗传注释计划是为了寻找和确定与癌症相关的基因多态性,目的是为了理解癌症发生的分
子机理。CAI 一方面利用网上的SNP 信息进行数据挖掘,另一方面采取实验手段。此数据库发布经
过验证的和已确认的SNP 信息,同时也提供DNA多态的预测软件。

还有Affymet rix. 研究所和Chakrarati 实
验室联合检测到与高血压相关的116 个候选基因http :/ / genome. cwru. edu/ candidates/ SNPs. html ;CMBI 的心衰相关基因数据库:http :/ / heartnet . bjmu. edu. cn/ database/ hf/ hf/index. htm。

与蛋白质功能相关的突变数据库
  PicSNP    http://plaza.umin.ac.jp/~hchang/picsnp/
特定基因-蛋白质的突变数据库
  p53基因突变数据库   http://p53.curie.fr/
   PAH突变数据库   http://www.mcgill.ca/pahdb
  BTK突变数据库   http://www.uta.fi/laitokset/imt/bioinfo/btkbase
  结合蛋白质G受体数据库    http://www.gpcr.org/7tm

HMGD - Human Gene Mutation db

SVD - Sequence variation db

HGBASE - Human Genic Bi-Allelic Sequences db

The SNP consortium
dbSNP - Human single nucleotide polymorphism (SNP) db



List of mutation databases from OMIM

List of mutation databases from IMT (Finland)

ADB - Albinism db (Mutations in human genes causing albinism)

Alpha-glucosidase - Information about human acid alpha-glucosidase (GSD-II)

AR mutations - Human androgen receptor mutation db

Antithrombin mutation db

Asthma and Allergy gene db

BIOMDB - Db of mutations causing tetrahydrobiopterin deficiencies

BLMbase - Human BLM mutation db (Bloom snydrom)

BTKbase - Human BTK mutation db (X-linked agammaglobulinemia)

CD40Lbase - Human CD40 ligand mutation db

COL1/3 mutation - Human Type I and III collagen mutation db

CFTR mutation - Human cystic fibrosis mutation db (CFTR)

EMD db - Human Emerin (EMD) mutation db (Emery-Dreifuss muscular dystrophy)

KMeyeDB - Eye disease genes db

FVII mutation - Human Factor VII mutation db

HAMSTeRS - Human Factor VIII mutation db (Haemophilia A)

HAeMB - Human Factor IX mutation db (Haemophilia B)

FBN1 mutation - Human fibrillin 1 mutation db (Marfan syndrome)

G6PD - Human G6PD deficiency resource

Galt mutation - Human galactose-1-phosphate uridylyltransferase mutation db (Galactosemia)

HEXAdb - Human Hexosaminidase A mutation db (Tay-sachs disease)

IL2RGbase - Human IL2RG (Interleukin-2 receptor gamma) mutation db (X-SCID)

L1CAM mutation - Human L1CAM mutation db

LDLR mutation - Human LDLR mutation db (Familial hypercholesterolemia)

LQTSdb - Long QT syndrome db

NCF1base - Human NCF1 mutation db

NCF2base - Human NCF2 mutation db

Neuromuscular diseases web site

NCL - Neuronal Ceroid Lipofuscinoses mutation db

OTCase - Human ornithine transcarbamylase (OTCase) website

Cytochrome P450 alleles nomenclature

p53.genome.ad.jp/">p53 mutation db - University of Tokyo p53 mutation db

Germline p53 mutation db - University of Prague db of germline p53 mutations

PAHdb - Human phenylalanine hydroxylase (PAH) mutation db

PAX6 mutation - Human PAX6 mutation db

Prion - Prion and prion disease web site

RAG1base - Human RAG1 mutation db

RAG2base - Human RAG2 mutation db

RB1base - Human retinoblastoma-associated protein (RB) mutation db

RetNet - Retinal Information Network

Retina International Scientific Newsletter - Information on Retinal genes, proteins and diseases

TSC - TSC (TSC1/TSC2) variation db

TSC2 - Cardiff-Rotterdam Tuberous Sclerosis (TS) db (Tuberin; TSC2)

TGDB - Tumor gene db

VMD2 mutation - Human VMD2 mutation db

vWF mutation - Human von Willebrand factor (vWF) mutation db

WRN - Human WRN mutation db (Warner disease)

WT1 mutation - Human WT1 mutation db

X-ALD mutation - Human ABCD1 mutation db

COSMIC
ICGC
KMDB/MutationView 人疾病基因的突变数据库

KMDB/MutationView是一个使用图表表现人类疾病引起基因的突变数据的数据库,它当前的版本是由的9个不同疾病种类的附属数据库组成,分别是眼睛,心,耳朵,大脑,癌症,综合症,自身免疫性,肌肉和血液。KMDB/MutationView收录了涉及87种不同的疾病的97种基因的突变数据并且可通过http://mutview.dmb.med.keio.ac.jp访问。


SCAN:  SNP and CNV Annotation Database    网址:http://www.scandb.org/newinterface/about.html
物种为人类(hg18/hg19)里面可以根据基因的位置,得到相应的SNP等等。
SNPnexus:http://snp-nexus.org/citation.html
类似SCAN.



其他数据库参考:http://emuch.net/html/201303/5561978.html

转载:http://blog.renren.com/blog/270143053/762288671

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