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重要的LncRNA网址

(2015-01-12 09:16:40)
标签:

lncrna

分类: biology
LncRNA的基本介绍如下:网址网址2

北京大学的研究人员在世界上首次创建并发布了长非编码RNA疾病数据库(lncRNA and disease database,LncRNADisease)
根据其他战友发送的,以下是整理的长链非编码RNA(lncRNA, lincRNA)数据库资源列表(按字母排序)。
国内外长非编码RNA的研究刚刚兴起,希望这资源对国内的非编码RNA的研究者有所帮助。

(1) ChIPBase: 提供长链非编码RNA的表达图谱和转录调控的全面鉴定和注释。整合了高通量的RNA-seq鉴定的lncRNA及其表达图谱和ChIP-Seq实验技术鉴定的转录因子结合位点。网站:http://deepbase.sysu.edu.cn/chipbase/ 更新:2012年11月

(2)LNCipedia: 对人类的长链非编码RNA的序列和结构全面的注释。网站:http://www.lncipedia.org 更新:2012年7月

(3)lncRNABase: 提供miRNA调控长非编码RNA(lncRNA)、假基因(pseudogene)和环状RNA(circRNA)的互作信息和ceRNA调控网络。构建了最全面的包含了14癌症类型(>6000个样本)Pan-Cancer(泛癌)表达图谱和互作网络。这些调控互作网络信息是基于高通量的CLIP-Seq实验数据。网站:http://starbase.sysu.edu.cn/mirLncRNA.php 更新: 2013年11月

(4)lncRNAdb: 提供有生物学功能的长链非编码RNA的全面注释。这是长链非编码RNA研究领域的大牛John mattick实验室构建的网站。网站:http://www.lncrnadb.org/ 更新:2011年7月

(5)LncRNADisease: 提供了文献报道的疾病相关的长链非编码RNA的注释。 网站: http://cmbi.bjmu.edu.cn/lncrnadisease 更新:2012年7月

(6)NONCODE提供对长链非编码RNA的全面注释,包括表达和该团队开发的ncFANs计算机软件预测的lncRNA功能。这是非编码RNA研究的知名数据库,已经更新到第三版。网站: http://www.noncode.org 更新:2012年1月

(7)NRED: 提供人和小鼠的长链非编码RNA在芯片数据的表达信息。这也是John mattick实验室构建的网站。网站:http://jsm-research.imb.uq.edu.au/nred/ 更新: 2009年

miRcode:http://www.mircode.org/mircode/,瑞典哥德堡大学的研究人员开发的一种可以搜索的界面软件来预测miRNA的靶点,当前的版本覆盖了完整的GENECODE注释的转录组,包括10419条已经注册的lncRNA。

linc2GO:http://www.bioinfo.tsinghua.edu.cn/~liuke/Linc2GO/index.html,清华大学整合的lncRNA功能注释数据库,以竞争性內源RNA(ceRNA)假说为基础的人的lincRNA功能注释。

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